[4]​ No fue hasta que a fines del siglo XVII, que el complejo adquirió su fisionomía actual e incluso expandió sus terrenos cuando el rey Carlos II El Hechizado en 1698 les cedió un ejido con huerta al sur para el sustento del convento que se había solicitado desde 1686,[5]​ que con el tiempo aquellas tierras de labranza enmarcadas entre las calles de Las Monjas y de San Agustín (Carreras 5 y 6) con calles de la Chirimoya y de las Cárceles (Calles 6 y 7) fueron convertidas en una cuadra, la cual sirvió como un mercado y galería central hasta que se construyó a mediados del siglo XX el Centro Comercial Mundo Center o Anarkos, actualmente destruido y conocido mejor como la ''Manzana 99''.

[7]​ Ya entrado el siglo XVIII, la ciudad y el convento se vieron gravemente afectados, cuando el 2 de febrero de 1736 aconteció un violento terremoto que semidestruyó la mayor parte del centro.

[8]​ Durante este periodo también se reedificó el complejo monacal en 1764 con la fisionomía actual gracias a la dirección del hermano lego jesuita alemán Simón Schenherr hasta que la Compañía de Jesús fue expulsada del virreinato en 1767.

La nueva cuadra resultante se dedicó como sede de la galería que funcionaba en la Plaza Central.

[15]​Sin embargo, esta ordenanza es desconocida por el Gobierno Departamental quedando el convento abandonado por dos años y siendo posteriormente ocupado por dependencias de la Gobernación hasta que con el Terremoto de Popayán de 1983, la Gobernación del Cauca finalmente entregó el claustro en ruinas al Colegio Mayor para su restauración y reedificación la cual ya fue ordenada por el abogado Jaime Calderón Brujes y los arquitectos a cargo fueron Guillermo Triviño Arango, Fernando Ospina Varón y Jaime Palmera Pinera.

[16]​ Se trata de un complejo que llegó a abarcar un amplio terreno equivalente hoy en día a dos cuadras enteras, en su momento de esplendor tuvo más de 5 patios empedrados y una amplia huerta, hoy en día gran parte se fraccionó la edificación y se destinaron ciertos sectores para diversos usos como: