[24]​ Entre las islas la mayor es la isla Magdalena, ubicada frente a su capital y ciudad más grande, Puerto Cisnes.

En esta época, el Concejo Municipal estuvo compuesto por Hugo Altamirano A., Guido Gómez Muñoz, Eugenia Pirzio, Benjamín Ortuzar A. y Dagoberto Riffo Díaz.

Las siguientes elecciones municipales de 1996 proclamaron como alcalde a Yuri Arre, quien junto con los concejales elegidos en esa oportunidad, Hugo Altamirano, Dagoberto Riffo, Armando Antiñanco Alvarado, Luis Carrasco Medina y Secundino Díaz B., estuvo en el cargo hasta el año 2000.

Ese mismo año, Yuri Arre fue reelegido como alcalde, mientras que el Concejo Municipal lo integraron Carlos Vargas Duamante, Ladislao Valdés A., Armando Antiñanco, Luis Carrasco y Hugo Altamirano.

En el periodo 2021-2024, fue reelegido el alcalde Francisco Roncagliolo Lepio, conformándose el Concejo Municipal por los ediles Larry Letcher Mercier, Ximena Arévalo Soto, Carlos Valdés Antiñanco, Cristian Jaramillo Pineda, Almendra Silva Millalonco y Francisco Abarca Arap.

Cisnes integra junto con las comunas de Aysén, Coyhaique, Guaitecas, Río Ibáñez, Chile Chico, Lago Verde, O'Higgins, Cochrane, y Tortel el distrito electoral N.° 27 y pertenece a la XIV Circunscripción Senatorial (Aysén).

A su vez, es representada en la Cámara de Diputados para el periodo 2018-2022 por René Alinco Bustos (Ind-PPD), Miguel Ángel Calisto Águila (PDC) y Aracely Leuquén Uribe (RN).