[5]​[6]​ Sin embargo, estas versiones basadas en lenguas originarias despiertan resistencias entre varios estudiosos, tanto por la diversidad de explicaciones que plantea, como por no encontrarse en glosarios lexicográficos conocidos, ni corresponder a las terminaciones de otros lugares de ascendencia étnica, tales como: aike (Coyhaique - tehuelche), co-hue (Huillinco o Dalcahue - veliche), ec-ao (Chaulinec o Achao - chona).

[5]​ Paralelamente, existe una leyenda etimológica según la cual el término tendría su origen en los navegantes británicos que exploraron los canales patagónicos, designando la zona donde se ubica el último de los ventisqueros que llega al mar.

De acuerdo con esta teoría, el término habría sido usado, por ejemplo, por el capitán Robert Fitz-Roy en 1831, quién exploró la costa a bordo de su barco, el Beagle, junto a Charles Darwin.

No obstante, esta explicación es inadmisible puesto que el nombre Aysén con "y griega" (como solía usarse en el siglo XVIII), ya figura en documentos del Padre García, quién exploró esta zona ya en 1763, por lo que es, como mínimo, más de 60 años anterior a la llegada del Beagle.

[32]​ En la comuna se encuentran un sinnúmero de fiordos, lagos, lagunas, ventisqueros, volcanes, montañas, montes, golfos, canales e islas.

Estas unidades territoriales son administradas por municipios, los cuales -de acuerdo a la Ley N.º 18.695, Orgánica Constitucional de Municipalidades-, son corporaciones autónomas de derecho público, descentralizadas, que tienen como finalidad satisfacer las necesidades de la comunidad local y asegurar su participación en el progreso económico, social y cultural.

Sus seis miembros son elegidos cada cuatro años por medio de sufragio universal.

La Municipalidad de Aysén integra junto con las comunas de Cisnes, Coyhaique, Guaitecas, Río Ibáñez , Chile Chico, O'Higgins, Cochrane, y Tortel el Distrito Electoral N.º 27 y pertenece a la 14.ª Circunscripción Senatorial (Aysén).

A su vez, es representada en la Cámara de Diputados para el periodo 2018-2022, por Aracely Leuquén (RN), Miguel Ángel Calisto (DC) y René Alinco (IND-PPD).