[6]​ En sus inmediaciones se encuentran otras áreas protegidas como los parques nacionales Corcovado, Queulat e Isla Magdalena, además del área marina costera protegida Pitipalena Añihué, en la desembocadura del río Palena.

[2]​ La zona que ocupa actualmente el parque nacional Melimoyu fue explorada por diferentes viajeros occidentales, a contar del año 1752 en adelante, cuando fue reconocida por el piloto José de Moraleda.

El volcán Melimoyu, su principal hito geográfico, que constituye un punto de referencia en la navegación por el canal Moraleda, fue también descrito por el capitán Robert FitzRoy en su relato contenido en Narrative of the Surveying Voyages of H.M.S Adventure and Beagle.

Además existe otra área conformada por los faldeos del volcán Melimoyu, el que mantiene una cobertura glaciar donde se emplaza su cráter.

A las zonas más extensas de este parque nacional solo es posible acceder por vía marítima, ya que no existe conexión terrestre desde o hacia la Carretera Austral o sus caminos tributarios, salvo dos secciones que son atravesadas por la Ruta X-12, camino que une las localidades de La Junta con Puerto Raúl Marín Balmaceda.