También es conocido como el «granero de México» debido a la intensa actividad agroalimentaria realizada en la zona.
Los chichimecas, al verse invadidos, mantuvieron un estado de guerra contra los españoles.
Estos, ante la situación, solicitaron a las autoridades virreinales la fundación de un poblado mayor para tener una mejor protección.
Desde finales del siglo XX el agua es bombeada desde depósitos a más de 400 metros de profundidad, sin embargo conserva su temperatura característica, está tan caliente en algunas zonas que la concesionaria local de agua necesita depositarla en inmensos tanques para que se enfríe, pues sus altas temperaturas maltratarían las tuberías y la harían peligrosa para los usuarios.
El nombre virreinal original fue "Santiago de Querétaro" en honor al batallador patrono de España: el apóstol Santiago y al nombre otorgado por los chichimecas: Querendaro o Cretaro, cuyo significado es lugar entre peñas.
Se cuenta que sobre la loma llamada Sangremal, se libró una batalla entre naturales y españoles a brazo partido (sin armas), previamente pactada entre el cacique Conin y el español Pérez de Bocanegra con quien tuvo arreglos desde 1529; a media batalla apareció en el cielo una cruz refulgente de color blanco y rojo, como de cuatro varas de larga y a su lado el apóstol Santiago, jinete en su blanco corcel, para favorecer en la batalla a los cristianos.
Por su activísimo cívico-democrático durante la segunda mitad del siglo XX, la ciudad es considerada también como puntal y cuna de la nueva democracia mexicana.
En la actualidad (2009), es una importante ciudad industrial localizada en una rica región agrícola, ganadera y minera.
Su arquitectura barroca, neoclásica y ecléctica le permite estar considerada como candidata a ser catalogada como Patrimonio de la Humanidad por la Unesco.