La ciudad ha tenido un rápido crecimiento debido a su actividad industrial y turística.

Ellos eligieron también el Cerro de la Cruz para su asentamiento y se realizaron obras de construcción que cambiaron el aspecto del antiguo centro ceremonial: se construyó una gran plataforma que cubre toda la superficie del cerro y en el sector noreste se edificó un basamento piramidal y una plaza abierta frente a la fachada oeste del mismo.

Hacia 450 d. C. se había creado, al parecer por grupos teotihuacanos, un gran centro de poder en el Rosario, a escasos siete kilómetros al noreste del cerro de la cruz, y este último, aunque continuó con su carácter de centro ceremonial, perdió su relevancia original.

[6]​ Estas ruinas arqueológicas recientemente encontradas en el municipio, han sido fechadas no con exactitud por la falta de recursos investigativos, sin embargo se plantea que hay vestigios para establecer que dichas ruinas fueron habitadas a finales del periodo clásico y principios del posclásico entre los años 600 y 1000 d. C., esta zona fue habitada por grupos Chichimecas hasta la conquista de los españoles y se identifica que dichas ruinas fueron habitadas específicamente por la cultura Otomí.

Todo el batallón iba asesorado por un pequeño grupo de soldados españoles, así como uno o dos religiosos.

Además de este relevante elemento urbano, empezaron a ganar terreno las iglesias, templos y conventos con su respectiva influencia ideológica.

El antiguo casco urbano de San Juan del Río es similar al de Querétaro, en el cual quedaron incluidos dos tipos de trazado, la traza irregular que se supone fue la zona indígena antigua en donde se edificó el templo para indígenas del Calvario.

Los años medios del siglo XVII fueron testigos de esta intensa actividad.

Por esas mismas fechas se concluyó la construcción del templo y convento de Santo Domingo; el mencionado convento se localiza en la calle principal de San Juan del Río.

En 1863, Don Benito Juárez, en su huida a San Luis Potosí, pernoctó en San Juan del Río y, en 1867, Maximiliano de Habsburgo lanzó en esta ciudad una de sus últimas proclamas, en la cual exhortaba a la población a defender la Independencia y el orden interior del país.

Entre 1960 y 1970, San Juan del Río inició su transformación urbana, económica y social dado al proceso industrializador, comercial y de comunicaciones; factores que han colocado actualmente a este municipio como el segundo en importancia en el Estado de Querétaro.

El blasón se divide en tres secciones representativas del municipio de la siguiente forma: en el medio superior, se ubica la imagen del Santo Patrono San Juan Bautista, erguido sobre el “Puente de la Historia” representando la fundación y la evangelización del pueblo.

[15]​ Hidrografía Las corrientes superficiales más importantes del municipio son los ríos de San Juan, Culebra y el Prieto; además se tiene la presencia de arroyos perennes como El Caracol, Cocheros, Ciprés, La Culebra, Hondo, Dosocuá, Hierbabuena y Viborillas, entre otros.

El proceso de industrialización comenzó tímidamente durante la tercera década del siglo XX, en los límites del casco urbano, al Suroeste sobre la carretera a Tequisquiapan, en una superficie de 300 hectáreas.

A este hecho afectó de manera importante la inserción del municipio al Programa Estatal de Fomento Industrial, concibiendo como un corredor industrial que integraría productivamente municipios intermedios.

El convento es sencillo y está ocupado en la actualidad por la Presidencia Municipal.

En ella se levanta una columna, construida en honor a la Emperatriz Carlota.

En un principio la columna estaba adornada en su parte superior por un águila hecha de bronce, la cual fue destruida por un rayo.

En él se encuentra un monumento en honor a los fundadores de San Juan del Río.

A este museo se le llama "Museo de Sitio", porque el edificio que le da cabida y sentido es el Cementerio de la Santa Veracruz.

inaugurado en 1997 tiene por objeto mostrar la importancia que el ser humano le da al acto de morir.

Las maneras han cambiado y hoy presenta algunos rituales que los mexicanos realizan a lo largo de su historia.

Ha sido representativo de esta ciudad el tradicional corrido de "La Estampilla", cuya letra y melodía probablemente tenga su origen a finales del siglo XVI.

Los ópalos son trabajados magistralmente por artesanos del lugar, entre ellos podemos citar a la familia Cabrera que tiene cuarenta y cuatro años en el ejercicio del bello arte de la lapidaria.

En los tradicionales portales, se instalan Señoras que venden elaboradas carpetas tejidas a gancho, así como servilletas con deshilado; mientras que en el mercado artesanal se pueden adquirir variadas piezas de alfarería, metales y labrados de cantera en la región.

San Gil cuenta con un hermoso lago, casa club y amplios jardines.

El parque es ideal para disfrutar en familia un agradable fin de semana.