Esta es la zona de Pamplona donde se han encontrado los restos arqueológicos más antiguos, datados en la Primera Edad del Hierro.

Por su parte, las capillas dobles poseen un pilar exento, que por su lado interno y externo, no posee baquetones, sino una sección semicircular.

Aunque resulte llamativo, esto era práctica habitual en la Edad Media, en la que se policromaba la piedra tanto lisa como esculpida.

[42]​ Como en la actualidad los retablos no corresponden siempre con una capilla que lo albergue, se habla de ellos en una sección aparte del artículo.

La cabecera tiene en la parte del presbiterio la misma altura y anchura que la nave principal, creando de esta manera una cruz latina.

[46]​ A pesar del derrumbe parcial de la catedral románica en 1390, la iglesia mantuvo intacta su fachada, construida en dicha época.

Consta de una cripta y sobre ella la capilla propiamente dicha, que se habría creado para salvar el gran desnivel del terreno.

Actualmente sirve como enterramiento y posee diferentes nichos adosados al muro en el que descansan varios obispos de Pamplona.

Con la desaparición de la vida monacal en la catedral,[k]​ este edificio perdió su funcionalidad y tras unas reformas en el siglo xix, pasó a convertirse en capilla.

A lo largo de la pared, existe un banco corrido en el que se disponían los asientos, aunque actualmente los canónigos utilizan sillas.

Es en medio de este último acceso donde encontramos dos pequeñas capillas laterales con tablas pintadas y cuatro bustos relicario.

No son habituales las escaleras de caracol con ojo, puesto que aunque facilitan la iluminación, dificultan su labra.

Dicha colección incluye diferentes piezas de orfebrería, retablos, tallas marianas, casullas, ternos, cruces parroquiales, documentos, y un largo etcétera.

Fechado en el siglo xviii, estructuralmente es sencillo, encuadrado dentro de las líneas clasicistas que imperaban en Pamplona en aquellas décadas.

Las laterales están conformadas por cajas con altorrelieves y la central por hornacinas que albergan tallas de bulto redondo.

Los dos cuerpos constan de tres calles (la central algo más ancha), articuladas por columnas salomónicas decoradas con guirnaldas.

Una profusa y profunda decoración, recorre todos los puntos del retablo, acorde con la época de máximo esplendor barroco en el que fue realizado.

Se demuestra el total conocimiento anatómico muscular que tiene del cuerpo humano en la forma de tratar torso, brazos y piernas.

Ha sido algo habitual durante varios siglos, que se vistiera la imagen con capas bordadas, velos y mantillas en fechas señaladas del calendario litúrgico.

Únicamente la de la izquierda es original, las otras dos se perdieron tras haber sido robado el relicario en los años 30 del siglo xx.

Por su parte, los obispos, tenían derecho a ser enterrados en la última catedral en la que habían ejercido su cargo, como sucede hoy en día.

Además de los sepulcros, también hay diferentes enterramientos mucho más sencillos, diseminados a lo largo del conjunto catedralicio.

Estas sepulturas, así como el cambio del suelo del claustro, se realizaron durante el siglo xvii para dar cabida a más enterramientos y homogeneizar su superficie, pues debía presentar una imagen desigual debido al gran número de laudas de diferentes épocas.

La calle central más compleja, en la que se encuentran barrotes retorcidos en ambos pisos, y además en el superior, once balaustras ricamente labradas.

[121]​ La crestería está formada por grutescos,[s]​ del follaje vegetal salen cuerpos de animal que se convierten en personas.

[123]​ En ellas vemos escenas de los evangelios, la virgen, santos y personajes relacionados con la catedral como reyes, obispos o papas.

En las del presbiterio se pintaron escudos heráldicos de poblaciones y personajes navarros que tuvieron relación directa con la catedral.

Se ha querido ver en el crudo clima navarro la explicación a este hecho, pero no parece que sea relevante.

[135]​ Actualmente se tocan de forma manual varias campanas, aunque especialmente la María en las festividades más solemnes.

Poco tiempo después de haber terminado la obra gótica, se levantó un sobreclaustro en el siglo xvi y se construyó un nuevo refectorio en 1580 (debido a que la gran sala gótica no debía ser muy funcional), y del que no quedan restos hoy en día.