Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 1999

La quinta etapa consistió en la final del torneo, que se disputó entre los dos primeros clasificados de la liguilla final en partidos de ida y vuelta.Liga Deportiva Universitaria se proclamó campeón por sexta vez en su historia, tras superar al El Nacional en una histórica final que culminó con un marcador global de 4-1 a favor del conjunto capitalino.A ellos se ha sumado por última vez en el siglo XX y II milenio desde 1971, la ciudad de Cuenca la capital azuaya solo contó con 1 solo club perteneciente a Cuenca que era Deportivo Cuenca y quedó 1 solo equipo de la capital azuaya en la Serie A al igual que 1971, 1973, 1974, 1975, 1976, Primera Etapa de 1977, 1978, 1979, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1994, 1996, 1997 y 1998 y la provincia del Azuay solo contó con 1 solo club perteneciente a la provincia del Azuay que era Deportivo Cuenca y quedó 1 solo equipo de dicha provincia en la misma al igual que 1971, 1973, 1974, 1975, 1976, Primera Etapa de 1977, 1978, 1979, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1994, 1996, 1997 y 1998.Macará había abandonado la Serie A para descender a la Serie B disputando el último partido del equipo celeste en la temporada de 1991 contra Barcelona el resultado fue la derrota del equipo celeste sobre el equipo torero por 3 a 0 llevando el cuadro celeste al descenso a la Serie B de la Segunda Etapa de 1991 disputado el 14 de julio de 1991 en el Estadio Monumental Isidro Romero Carbo hace casi 8 años atrás, ahora retornó a la Serie A después de casi 8 años en reemplazo del descendido Técnico Universitario.La primera decisión importante fue que, para el año 2000 (primer año del Siglo XXI y III milenio), la Serie A debía reducirse a 10 equipos; por tanto, este año 1999 debían descender a la Serie B los 3 peores ubicados en la liguilla del no descenso.Si alguno de estos equipos, que puntuaron negativamente en la primera etapa, clasificaba a la liguilla final en la siguiente etapa, su menor bonificación, así como lugar en el no descenso, la ocuparían los otros equipos, de acuerdo a su ubicación en la primera etapa del campeonato.En la liguilla final, que también fue una etapa final, clasificaron el primero y segundo, que jugaron encuentros de ida y vuelta para definir el título.