Al igual que en la primera etapa se definieron los clasificados a los cuadrangulares Pre-Libertadores, Pre-Conmebol y del No Descenso.
Liga Deportiva Universitaria se proclamó campeón por quinta vez en su historia, tras superar al C. S. Emelec en una histórica final que culminó con un marcador global de 7-1 a favor del conjunto capitalino.
A ellos se ha sumado la ciudad de Cuenca la capital azuaya solo contó con 1 solo club perteneciente a Cuenca que era Deportivo Cuenca y quedó 1 solo equipo de la capital azuaya en la Serie A al igual que 1971, 1973, 1974, 1975, 1976, Primera Etapa de 1977, 1978, 1979, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1994, 1996 y 1997 y la provincia del Azuay solo contó con 1 solo club perteneciente a la provincia del Azuay que era Deportivo Cuenca y quedó 1 solo equipo de dicha provincia en la misma al igual que 1971, 1973, 1974, 1975, 1976, Primera Etapa de 1977, 1978, 1979, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1994, 1996 y 1997.
Los 4 equipos que jugaron el No Descenso puntuaron de forma negativa con -1, -2, -3 y -4 puntos para disputar el resto del torneo.
La tercera Etapa también se dividió en 3 cuadrangulares: Pre-Libertadores, Pre-Conmebol y No Descenso.
También se destaca el retorno del histórico Delfín Sporting Club, tras 3 años ausente de la categoría.
La disputaron entre Liga Deportiva Universitaria y Emelec, ganando el equipo albo.
El Nacional ganó la clasificación a la Copa Conmebol 1999, no obstante descartó su participación ya que fue invitado a participar en la Copa Merconorte 1999, por lo que Deportivo Cuenca tomó el lugar cedido por El Nacional.