Los códices que se realizaron durante la Colonia en el territorio que actualmente pertenece a México —tanto en los años que antecedieron el establecimiento del virreinato de Nueva España como en el mismo período virreinal— tomaron de los europeos no sólo el alfabeto latino —que en muchos casos sirvió para registrar las lenguas indígenas—, sino también los materiales y el estilo iconográfico.
Todos los documentos indígenas y mestizos que se realizaron entre los siglos XVI y XVIII en la Nueva España incorporan temáticas indígenas e intentan adaptar la iconografía mesoamericana a la sensibilidad europeizante de la sociedad novohispana.
Algunos códices fueron elaborados por indígenas educados por los misioneros o en las escuelas para nobles que se establecieron en varias partes de la Nueva España.
Los formatos conocidos durante la época prehispánica siguieron empleándose en la Colonia.
Finalmente, el libro cosido a la manera europea apareció en el siglo XVI.
Los códices prehispánicos fueron sistemáticamente destruidos por considerarse peligrosos en el marco de la cristianización que se estaba emprendiendo entre los indígenas mesoamericanos.