A diferencia del Códice de Huamantla, el de Huichapan posee una glosa en otomí antiguo que no ha sido del todo traducida.

Este manuscrito posee varias secciones.

La primera de ellas está dedicada a la historia del convento de San Francisco de Huichapan, desde el siglo XVI al siglo XVII.

Una segunda sección posee una comparación calendárica entre los sistemas mexica, europeo y otomí.

Estos anales poseen importante información sobre los sucesos ocurridos antes y después de la llegada de los españoles a la región.