Pero a las pocas semanas ya era atacado desde todos los frentes por los federales.

Logró que enviaran en su ayuda al coronel Eduardo Kaunitz de Holmberg, pero uno de los caudillos, Eusebio Hereñú, logró una importante victoria sobre Pico en La Bajada.

Tuvo un papel secundario en los desórdenes políticos y militares conocidos como la Anarquía del Año XX.

A fines del mismo, organizó un regimiento de infantería, con el número 1, heredero en algunos sentidos del de Patricios; pero al mes siguiente dejó el mando: fue su último cargo militar.

Volvió a ser jefe de policía con los gobernadores Juan José Viamonte y Manuel Vicente Maza.