Las refinerías son productoras y consumidoras de hidrógeno en grandes volúmenes.Una futura aplicación destacable del hidrógeno podría ser uso como una alternativa a los combustibles fósiles, una vez que los depósitos de petróleo se agoten.Melis Encontró que agotando la cantidad de azufre disponible para las algas interrumpía su flujo de oxígeno interno, dejando un entorno en donde la hidrogenasa podía activarse, causando así que las algas producieran hidrógeno.El alga Chlamydomonas moewusii también es un buen precursor para la producción de hidrógeno.Tomaría aproximadamente alrededor de 25.000 kilómetros cuadrados para ser suficiente cantidad como para desplazar el uso de gasolina en los EE.UU. Para poner esto en perspectiva, esta área representaría aproximadamente el 10% del área que se destinó al cultivo de soja en los EE. UU.Si el hidrógeno por fermentación es introducido a la industria, el proceso de fermentación será dependiente de ácidos orgánicos como substrato para la foto-fermentación.Varias estrategias para la producción de hidrógeno por fermentación a baja escala en laboratorios han sido encontradas en literatura.Aun así no ha sido encontrada ninguna estrategia para la producción a gran escala industrial.
