Durante sus estudios escribió: "Mi especial predilección por las Matemáticas se basa de modo particular en sus aspectos especulativos, en otras palabras, aprecio mucho la parte de las Matemáticas que es al mismo tiempo Filosofía."
Se dedicó a ello los siguientes tres años, durante los que también preparó su tesis doctoral en Geometría.
Dos años después de ser nombrado doctor, Bolzano se ordenó como sacerdote católico.
Estas reivindicaciones preocupaban mucho a los estados autoritarios, y en especial al Imperio austríaco, en cuyos límites se integraban numerosos grupos étnicos muy distintos entre los que iban naciendo movimientos nacionalistas.
Sus enseñanzas estaban impregnadas por fuertes ideales pacifistas y por una viva exigencia de justicia política.
Además, Bolzano gozaba, debido a sus cualidades intelectuales, de un enorme prestigio entre sus colegas profesores y entre los estudiantes.
Debido a su personalidad, no aceptó este cese sin manifestar su desacuerdo, con lo que se le suspendió, bajo una acusación de herejía, puesto bajo arresto domiciliario y se le prohibió publicar.
Después de 1817, Bolzano estuvo muchos años sin publicar nada relacionado con las matemáticas.
Bolzano no presenta una definición completa de Satz an sich (es decir, de proposición en sí misma) pero nos da la información suficiente para entender lo que quiere decir con ella.
A partir de dicha distinción se genera una brecha con la filosofía kantiana en la tradición austriaca.
Entre 1830 y 1840, Bolzano trabajó en una obra mayor, Grössenlehre en la que tratará de reinterpretar toda la matemática bajo bases lógicas.