En 1897, en el decimocuarto centenario del bautismo de Clodoveo I (cuya segunda esposa fue santa Clotilde), la iglesia fue elevada a la dignidad de basílica menor por el papa León XIII.
En 2007 Goudji diseñó y realizó el nuevo altar mayor.
El abad Bernard Bouveresse, gran resistente, fue párroco y rector de Sainte-Clotilde desde después de la guerra hasta su muerte.
El edificio domina la plaza Samuel-Rousseau donde se pueden ver castaños, sophora y árboles de Judea.
Después de Franck, otros organistas y compositores famosos le han sucedido.