En 493, su tío Gundebaldo asesinó a Chilperico y ahogó a su madre, Caretena, además de provocar el exilio de su hermana, Crona, que se hizo monja.

Se casó con Clodoveo en el año 492, tras haber sido perseguida por sus parientes, de confesión arriana.

Sin embargo, la ambición del poder los llevó a hacerse la guerra unos contra otros, y dos de ellos y varios nietos de la santa murieron a espada en aquellas guerras civiles por la sucesión.

[1]​ San Gregorio de Tours dice que la reina Clotilde era admirada por todos a causa de su gran generosidad en repartir limosnas, y por la pureza de su vida y sus largas y fervorosas oraciones; la gente decía que más parecía una religiosa que una reina.

Sus dos hijos Clotario I y Childeberto I se declararon la guerra, y ya estaban los dos ejércitos listos para la batalla cuando Clotilde se dedicó a rezar fervorosamente por la paz entre ellos.