Cuando murió su tío Chilperico I, le sucedieron sus sobrinos, de modo que partieron el reino con sus hermanos Godegisilo, Gundemaro II, y Gundebaldo.
Después de que su hermano Gundebaldo hubiese asesinado (o hecho asesinar) a su otro hermano Gundemaro (Godomar) en 486, se volvió en contra de Chilperico.
En 493 Gundebaldo asesinó a Chilperico y ahogó a su esposa, Caretena, además de provocar el exilio de sus dos hijas,[1] Chroma y Clotilde: Chroma se convirtió en monja y Clotilda huyó con su tío, Godegisilo.
Cuando el rey franco Clodoveo I, pidió su mano en matrimonio, Gundobado no pudo negarse.
Clodoveo y Godegisilo se aliaron entonces en contra Gundebaldo en una larga guerra civil.