La película comienza con una escena con actores reales, en el Central Park de Nueva York.
Mientras intentaban encontrarla, la abuela comienza a relatar la historia, ambientándonos en el período y lugar de la misma (Nome, Alaska, año 1925), en versión animada.
Balto es un perro callejero mitad lobo que vive en un viejo barco abandonado a las afueras de Nome juntos a sus únicos amigos: Boris, un ganso ruso; y dos torpes cachorros de oso polar, Muk y Luk.
Al ser mitad lobo, Balto ha llevado una vida siendo rechazado por todo el pueblo, dado que es temido por los seres humanos y discriminado por los perros del lugar (en su mayoría de mascotas de raza pura), quienes lo llaman "mestizo".
Sus únicas amigas del pueblo son una niña llamada Rosy y su perra husky llamada Jenna, de la cual también está enamorado el perro de trineo más célebre y popular del pueblo, Steele, un arrogante y engreído alaskan malamute que disfruta hacerle la vida imposible a Balto constantemente.
Repentinamente, ellos acaban siendo atacados por un enorme oso pardo y Jenna, quien los estuvo siguiendo, aparece justo a tiempo en un intento por salvarlos.
En tanto Muk y Luk, sin que se dieran cuenta en un principio, superarían su temor al agua para salvar a Balto de sufrir el mismo destino.
Balto acepta la ayuda de Jenna, pero ella comienza a cojear debido a una herida que sufrió durante la pelea y parecía que no podía seguirles más el paso.
Por lo que Balto envía a sus amigos a llevársela de vuelta al pueblo, siguiendo sus marcas mientras él continuaba el viaje solo; no sin que antes, como forma de desearle suerte, Jenna le dejara su pañoleta y Boris le diera unas palabras de alientos las cuales eran: "Un perro no podría hacer este viaje solo.
Después les dijo que en el camino se encontró con Balto, quien le "arrebató" la medicina solamente para poder impresionar a Jenna, pero que al final terminó desapareciendo junto con la medicina entre la nieve tras la enorme caída al abismo.
Jenna se marcha con su pañoleta mientras el resto de los perros mantenían su fidelidad hacia Steele.
Las acciones de Balto no solamente lograron salvarle la vida tanto al equipo como a los niños, sino que además él se logró ganar el cariño y gratitud de quienes solían despreciarlo; tanto los humanos como los perros del pueblo lo aceptaron como a un héroe.
A su vez, tuvo un feliz reencuentro con sus mejores amigos: Jenna, Boris, Muk, Luk, y Rosy; quien mientras se recuperaba en el hospital, le agradeció diciéndole: "Sin ti estaría perdida".
Antes de marcharse, la abuela observa por última vez la estatua y dice: "Gracias Balto.
Cabe mencionar que, pese a basarse en un hecho histórico, la mayoría de los personajes presentados en la película son ficticios, excepto a nuestro protagonista, cuyo aspecto, historia y participación durante el evento fueron totalmente diferentes en la vida real.
Aunque es muy aficionado a las carreras de trineo, y espera con muchos deseos participar en una.
Luego de tal logro, Balto finalmente termina salvando a todos y se convirtió en héroe.
La voz que lo protagoniza es de Kevin Bacon, doblado en Latinoamérica por Rubén Trujillo y en España por Juan Antonio Bernal.
La voz que la protagoniza es de Bridget Fonda, doblada en Latinoamérica por Gladys Parra y en España por Nuria Mediavilla.
A pesar de ser cobarde y no llevarse bien con los residentes del pueblo, Boris decide ayudar a Balto en su aventura en donde al final se quedó muy orgulloso de él por su noble hazaña.
La voz que lo protagoniza es de Bob Hoskins, doblado en Latinoamérica por Rubén Trujillo y en España por Miguel Ángel Jenner.
La voz que los protagoniza es de Phil Collins, doblado en Latinoamérica por Roberto Alexander y en España por Aleix Estadella.
La voz que la protagoniza es de Juliette Brewer, doblada en Latinoamérica por Ana Grinta y en España por Michelle Jenner.
Un gag común de ellos es que a Kaltag le encanta expresar su opinión hacia algo o alguien en varias palabras mientras Star le da la razón, para seguidamente ser interrumpido por Nikki, lo cual hace que Kaltag lo golpe (aunque eso cambia al final de la película).
Dixie siente una fuerte obsesión y admiración hacia Steele, y hace todo lo posible por atraer su atención a pesar de que él siente más interés hacia Jenna; Sylvie, por el otro lado, le encanta andar divulgando chismes como cuando se enteró y reveló que Jenna se empezó a enamorar de Balto.
Debido al éxito que generó Toy Story ese mismo año, la película únicamente pudo recaudar 11 millones mundialmente, convirtiéndola un fracaso y causando el cierre definitivo de su compañía creadora Amblimation.