Bacon, último de seis hijos, nació y fue criado en una familia muy unida, en Filadelfia, Pensilvania.

También destacó en los filmes posteriores, como Quicksilver (1986), White Water Summer (1987), She's Having a Baby (1988), Criminal Law (1988) y The Big Picture (1989).

Al año siguiente compartió cartel con Julia Roberts y Kiefer Sutherland en la película Flatliners (1990), dirigido por Joel Schumacher, en la que un grupo de jóvenes residentes juega con la muerte gracias a sus avanzados conocimientos médicos y científicos.

[8]​ Más tarde llegarían e Sleepers (1996), con Robert De Niro, Dustin Hoffman, Brad Pitt y Jason Patric.

También en 1996 debutó en la dirección del telefilme Losing Change (1996), protagonizado por Helen Mirren y Kyra Sedgwick, quien es su esposa en la vida real.

Después de participar en producciones menores formó parte del reparto de películas destacadas como The Air I Breathe (2007) con Sarah Michelle Gellar, Brendan Fraser, Andy García y Forest Whitaker, que se quedó lejos de lo esperado o Frost/Nixon (2008) con Frank Langella, Sam Rockwell o Matt Dillon y que fue nominada a cinco Óscar, incluyendo Óscar a la mejor película.

En el 2011 formó parte del elenco de la película X-Men: primera generación, donde interpretó a Sebastian Shaw.

Finalmente, en el año 2012 protagonizó la serie de televisión The Following junto a James Purefoy.