El comandante Cromwell sufrió en Clonmel la mayor derrota militar de su carrera.
Como resultado intentó tomar la ciudad por asalto inmediato en lugar de optar por un asedio duradero.
Estos dos regimientos habían servido bajo el mando de Owen Roe O'Neill y ahora se encontraban dirigidos por su sobrino.
Al haber capitulado otras ciudades amuralladas de la vecindad con poca resistencia, la tensión aumentó evidenciada por la correspondencia entre O'Neill y Ormonde.
Asediaron la brecha durante cuatro horas, teniendo fuertes bajas, pero no consiguieron penetrar en la ciudad.
Creyendo que la ciudad se encontraba todavía fuertemente defendida, Cromwell negoció la rendición con su alcalde, John White.