O'Neill propuso convertir la isla en una república bajo la protección española, con la idea de evitar disputas internas entre las principales familias católicas, de entre las que se elegiría al futuro príncipe o rey, pero el plan no prosperó.
Sin embargo los celos entre sus parientes más cercanos y las diferencias de Owen con la confederación católica se complicaron.
Aunque Owen era un general competente, se encontraba en desventaja numérica respecto al ejército covenanter escocés que había desembarcado en Úlster.
En 1646, equipado con los suministros del Nuncio Papal, Giovanni Battista Rinuccini, atacó al ejército covenanter comandado por el comandante-general Robert Monro, que había desembarcado en la isla en abril de 1642.
Sin embargo, los términos para lograr la paz, fueron rechazados por la mayoría de los líderes militares irlandeses y por el clero católico incluyendo al nuncio, Rinuccini.
En marzo, los nobles católicos y la burguesía se reunieron en Úlster para nombrar a un comandante que sucediese a Owen, su elección consistió en Heber MacMahon, un arzobispo católico de Clogher, el jefe que había organizado el reciente encuentro en Clonmacnoise.
La mayoría de los supervivientes fueron transportados a España para servir en el ejército español.