La ciudad estaba ocupada por las tropas Confederadas irlandesas y las Realistas inglesas bajo el mando del general Thomas Preston.

El asedio lo ejecutaron los ejércitos Parlamentaristas ingleses bajo el mando de Oliver Cromwell, Michael Jones y Henry Ireton.

El ejército Parlamentarista inglés Nuevo Modelo llegó en octubre de 1649 a asediar Waterford.

Sin embargo, aguantó el asedio gracias a la enconada resistencia que ofreció su guarnición mandada por Edward Wogan.

Habiendo aislado a Waterford desde el este y el norte, Cromwell llegó ante la ciudad el 24 de noviembre.

El clima era extremadamente frío y húmedo por lo que las tropas Parlamentaristas sufrieron fuertes enfermedades.

En enero, se cortó el acceso hacia el oeste y en junio, Henry Ireton el comandante Parlamentarista llegó ante las puertas.

En este momento Waterford se encontraba en manos del general irlandés Thomas Preston.

En este punto, el alcalde y los concejales de la ciudad suplicaron junto a Preston la rendición.