Pueden permanecer en el individuo adulto (lampreas, peces), formando branquias plenamente funcionales, o estar presentes en estado embrionario (tetrápodos incluyendo el ser humano).
En las especies en que el aparato branquial persiste en estadios postembrionarios, es típicamente usado para funciones de respiración y/o alimentación, según taxones.
Muchos peces han modificado los arcos branquiales anteriores en mandíbulas faríngeas, a menudo equipadas con especializados dientes faríngeos que emplean para retener su alimento.
En especies muy altamente especializadas, capaces de proyectar la lengua para capturar a sus presas, como los camaleones o algunas salamandras pletodóntidas el aparato hioideo se modifica intensamente con este fin.
Cuando la lengua sólo tiene funciones sensoriales, como sucede con los varanos y las serpientes, se suele reducir el aparato hioideo.
[5] El desarrollo anormal de los arcos branquiales suele producir trastornos congénitos, tales como fístulas y quistes.
Algunas malformaciones frecuentes incluyen: Otras patologías similares, como el quiste tirogloso no tienen un origen real en los arcos branquiales.