[1] En 1858 se había creado el Archivo General Central del Reino con sede en el Palacio arzobispal de Alcalá de Henares para recoger la documentación remitida por las Secretarías del Despacho.
El nuevo AHN, ubicado en Madrid, engrosó desde su fundación la lista de los archivos históricos del Estado.
Ese año tomó posesión un nuevo director, Vicente Vignau, que lanzó un gran programa de expansión en el que el AHN se hizo con fondos pertenecientes o destinados a otros archivos españoles.
Al jubilarse Vignau en 1908, el AHN contaba ya con más de 80 000 legajos, la mayoría de los cuales no tenían nada que ver con su objetivo inicial.
En la actualidad, el AHN recibe continuamente documentos del Archivo General de la Administración (sucesor del General Central) cuando alcanzan el final de su vida útil.