El Presidente Rafael Reyes, buscando debilitar a los antiguos estados soberanos, tomó el proyecto y quiso erigir el departamento bajo el nombre de "Departamento de Los Andes".
Sin embargo, el nombre fue vetado por los representantes en el Congreso de Cauca, que exigieron que se llamara Caldas en honor a Francisco José de Caldas.
Tras el fin de la Hegemonía Conservadora y el inicio de la República Liberal, Villegas Hoyos se mostró favorable al cambio de la vieja élite que había estado acaparando los cargos públicos en Caldas, haciendo llamado a una "renovación generacional".
Su hija es la política Pilar Villegas, en dos ocasiones gobernadora de Caldas.
[6][7] Hay un puente con su nombre en el corregimiento Arauca de Palestina, el cual cruza el río Cauca.