Comenzó su carrera en la Corte en 1568, al servicio del príncipe Juan de Austria, hijo natural de Carlos I de España, con quien participaría en acciones diversas en Flandes, en las guerras contra los moriscos en la Alpujarra (1569-1571), y en la batalla de Lepanto (1571).
Cuando el príncipe muere en 1578, Andrés de Prada era ya su secretario.
Al mismo tiempo el rey lo nombró Secretario personal.
Por cada cargo, Prada pasa a cobrar un sueldo de 100.000 maravedíes.
En 1600 el nuevo monarca Felipe III lo nombró Secretario del Consejo de Estado para Francia, Flandes y Alemania, cargo en el que fue cesado en 1610, para pasar a ocupar la Secretaría de Estado para Italia, a la par que conservaba la Secretaría de Guerra que llevaba desde la época de Felipe II.