En 1916 fue reclutado en el Ejército austrohúngaro,[1] desplazándose a Rijeka para una instrucción de seis meses.[4] Posteriormente fue enviado a servir en el frente italiano durante la Primera Guerra Mundial.[5] Tras su liberación se integró en las fuerzas yugoslavas, regresando a su casa en la primavera de 1919.[1] Durante sus estudios allí trabó amistad con el futuro cardenal Franz König.[7] Además, las autoridades yugoslavas le negaron el acceso para visitar a Maček en prisión.La Ustaša (movimiento fascista de extremistas católicos croatas), regía el Estado.Aunque la mayoría de los estados ―incluido el Vaticano―[8] nunca reconocieron al Estado Independiente de Croacia como una nación soberana, Stepinac exhortó públicamente a su jerarquía a orar por la nueva entidad, y le pidió a Dios por el líder ustaša católico Ante Pavelić y por el bien de la nación.En sus informes al Vaticano, Stepinac siempre habló favorablemente sobre el régimen, además de declarar su animadversión hacia los serbios, cuya religión (la ortodoxa), según él, constituía «la maldición más grande de Europa».En un diario belgradense, Tito dijo que Stepinac «había declarado la guerra a Yugoslavia».Durante el proceso, Stepinac defendió su actuación durante la guerra, dijo que nunca había sido un ustaša y que las conversiones religiosas las había realizado de manera voluntaria.[17] El papa Pío XII excomulgó a todos los que participaron en el juicio, incluyendo al jurado, mientras que ni un solo miembro del régimen ustasha o de los sacerdotes que asesinaron con sus propias manos a los prisioneros serbios en los campos de concentración recibieron pena alguna de parte del papa Pío XII.[18] Fue ingresado en la prisión de Lepoglava, mientras en el mundo se producía una división sobre su juicio.En respuesta a esta decisión, el 17 de diciembre siguiente Yugoslavia rompió relaciones diplomáticas con la Santa Sede.[23]El escultor Ivan Meštrović creó una estatua en su memoria que se halla en la catedral de Zagreb.