Después migraría a Quito para estudiar en la Universidad Central, en la facultad de ciencias sociales.

Serían una pareja muy prolífica y complementarían desde la antropología los avances que se realizaban en la arqueología de Ecuador.

[3]​ Alfredo Costales se interesó mucho por los idiomas y su aporte lingüístico es tan importante como el antropológico.

Con eso tenían información actual sobre las costumbres en cada región distinta, que servía a su vez para interpretar los hallazgos en la cerámica que se habían realizado en la primera mitad del siglo XX.

A partir de esto trabajaría en la reconstrucción del shillipanu, que es una palabra que se refiere al mismo tiempo a la familia lingüística barbacoana de las culturas indígenas de Ecuador, así como al idioma específico que se habló en la cultura Quijos y también en los Quitus.

Su intuición y erudición servían para penetrar en hechos sociales que para otras personas pasarían desapercibidos pero los esposos Costales encontraban o conjeturaban la raíz mitológica del hecho social.

Podían ver en costumbres como la pelea de gallos, antiguas ceremonias prehispánicas con aves sagradas.

O en santuarios Marianos, descubrir la historia preincaica, revelando la deidad que ahí existía.

Trabajó con Guevara por seis meses junto al musicólogo Juan Mullo Sandoval donde empezaron a registrar los cantos que había aprendido Alfredo Costales.

El estado en el que estos cantos se encuentran sin embargo ya reflejan una influencia importante tanto del quichua como de la evangelización.

En concreto “La influencia colonial en algunos de estos cantos es evidente desde su lenguaje sonoro, la escala musical europea es muy clara.