Variant of SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19
La variante Alfa (B.1.1.7) fue [2] [3] una variante del SARS-CoV-2 que generó preocupación . Se estimó que era entre un 40 y un 80 % más transmisible que el SARS-CoV-2 de tipo salvaje (la mayoría de las estimaciones se situaban en el extremo medio o superior de este rango). Los científicos tomaron nota de esta variante de forma más amplia a principios de diciembre de 2020, cuando un árbol filogenético que mostraba secuencias virales de Kent , Reino Unido , parecía inusual. [4]
La variante comenzó a propagarse rápidamente a mediados de diciembre, casi al mismo tiempo que se disparaban las infecciones. Se cree que este aumento se debe, al menos en parte, a una o más mutaciones en la proteína de pico del virus . La variante también se destacó por tener más mutaciones de las que se observan normalmente. [5] En enero de 2021, más de la mitad de toda la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 se llevó a cabo en el Reino Unido. [6] Esto dio lugar a preguntas sobre cuántas otras variantes importantes circulaban por el mundo sin ser detectadas. [7] [8]
El 2 de febrero de 2021, Public Health England informó que había detectado "[un] número limitado de genomas B.1.1.7 VOC-202012/01 con mutaciones E484K ", [9] a la que denominaron Variante de interés 202102/02 (VOC-202102/02). [10] Una de las mutaciones ( N501Y ) también estaba presente en la variante Beta y la variante Gamma . El 31 de mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud anunció que la variante de interés se etiquetaría como "Alfa" para su uso en comunicaciones públicas. [11] [12]
La variante Alfa desapareció a finales de 2021 como resultado de la competencia de variantes aún más infecciosas. En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud cambió su designación a "variante preocupante que circulaba anteriormente".
Clasificación
Nombres
La variante se conoce con varios nombres. Fuera del Reino Unido, a veces se la denomina variante del Reino Unido , variante británica o variante inglesa [13], a pesar de la existencia de otras variantes menos comunes identificadas por primera vez en el Reino Unido, como la variante Eta (linaje B.1.525). Dentro del Reino Unido, se la conoce comúnmente como variante de Kent , en honor a Kent , donde se encontró la variante. [14] [15] [16]
En el uso científico, la variante había sido originalmente nombrada la primera Variante Bajo Investigación en diciembre de 2020 (VUI – 202012/01) por Public Health England (PHE), [17] [a] pero fue reclasificada a una Variante de Preocupación ( Variante de Preocupación 202012/01 , abreviada VOC-202012/01 ) por Meera Chand y sus colegas en un informe publicado por PHE el 21 de diciembre de 2020. [b] En un informe escrito en nombre del Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) , Andrew Rambaut y sus coautores, utilizando la herramienta de Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados (pangolín), la denominaron linaje B.1.1.7 , [19] mientras que Nextstrain denominó a la variante 20I/501Y.V1 . [20]
El nombre VOC-202102/02 hace referencia a la variante con la mutación E484K (véase más abajo). [10]
Perfil genético
Mutaciones de aminoácidos de la variante alfa del SARS-CoV-2 representadas en un mapa del genoma del SARS-CoV-2 con especial atención a la proteína Spike. [21]
VOC-202012/01 se define por 23 mutaciones: 14 mutaciones no sinónimas, 3 deleciones y 6 mutaciones sinónimas [23] (es decir, hay 17 mutaciones que cambian proteínas y seis que no lo hacen [5] ).
Síntomas y signos
El Imperial College de Londres investigó a más de un millón de personas en Inglaterra mientras la variante Alpha era dominante y descubrió una amplia gama de síntomas adicionales relacionados con la COVID. “Escalofríos, pérdida de apetito, dolor de cabeza y dolores musculares” fueron los más comunes en las personas infectadas, además de los síntomas clásicos. [24]
Diagnóstico
Varias pruebas rápidas de antígenos para el SARS-CoV-2 se utilizan ampliamente en todo el mundo para el diagnóstico de COVID-19. Se cree que son útiles para detener la cadena de transmisión del virus al proporcionar los medios para identificar rápidamente una gran cantidad de casos como parte de un programa de pruebas masivas. Tras la aparición de la VOC-202012/01, inicialmente hubo preocupación de que las pruebas rápidas pudieran no detectarla, pero Public Health England determinó que las pruebas rápidas evaluadas y utilizadas en el Reino Unido detectaron la variante. [25]
Sin embargo, a medida que se produjeron más mutaciones, surgieron preocupaciones sobre si sería necesario modificar el desarrollo de la vacuna. El SARS-CoV-2 no muta tan rápidamente como, por ejemplo, los virus de la gripe , y las nuevas vacunas que habían demostrado ser efectivas a fines de 2020 son tipos que se pueden ajustar si es necesario. [26] A fines de 2020, las autoridades sanitarias y los expertos alemanes, británicos y estadounidenses creían que las vacunas existentes serían tan efectivas contra VOC-202012/01 como contra las variantes anteriores. [27] [28]
El 18 de diciembre, NERVTAG determinó que "actualmente no hay suficientes datos para sacar ninguna conclusión sobre... el escape antigénico ". [29]
El 20 de diciembre de 2020 [update], Public Health England confirmó que "no hay evidencia" que sugiera que la nueva variante sería resistente a la vacuna Pfizer-BioNTech que se utiliza actualmente en el programa de vacunación del Reino Unido , y que las personas aún deberían estar protegidas. [30]
Mutación E484K
El 2 de febrero de 2021, Public Health England informó que había detectado "[un] número limitado de genomas B.1.1.7 VOC-202012/01 con mutaciones E484K ", [9] que también está presente en las variantes Beta y Gamma ; [14] una mutación que puede reducir la eficacia de la vacuna. [14] El 9 de febrero de 2021, se supo que se habían detectado unos 76 casos con la mutación E484K, principalmente en Bristol, pero con un grupo genómicamente distinto en Liverpool que también portaba la mutación. [31] Una semana después, un informe de investigación y análisis de PHE arrojó un total de 77 casos confirmados y probables que involucraban la mutación E484K en todo el Reino Unido, en dos variantes, VUI-202102/01 y VOC-202102/02, esta última descrita como 'B.1.1.7 con E484K'. [10]
El 5 de marzo de 2021, se informó que se había detectado un linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en dos pacientes estadounidenses (en los estados de Oregón y Nueva York). Los investigadores pensaron que la mutación E484K en la variante de Oregón surgió de forma independiente. [32] [33]
Características
Transmisibilidad
En general, se ha comprobado que la transmisibilidad de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) es sustancialmente mayor que la de las variantes preexistentes del SARS-CoV-2. La variante fue descubierta por un equipo de científicos del COG-UK, cuyos resultados iniciales encontraron que la transmisibilidad era un 70% (50-100%) mayor. [16] [34] Un estudio del Centro de Modelado Matemático de Enfermedades Infecciosas de la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres informó que la variante era entre un 43 y un 90% (rango de intervalos creíbles del 95%, entre un 38 y un 130%) más transmisible que las variantes preexistentes en el Reino Unido , dependiendo del método utilizado para evaluar los aumentos en la transmisibilidad. Se midieron aumentos similares en la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 en Dinamarca , Suiza y los Estados Unidos . [35] Además, un modelo simple para explicar el rápido aumento del linaje B.1.1.7 en varios países y el mundo encontró que la variante es un 50% más transmisible que el tipo salvaje local en estos tres países y en todo el mundo. [36] Otro estudio concluyó que era un 75% (70%–80%) más transmisible en el Reino Unido entre octubre y noviembre de 2020. [37] Un estudio posterior sugirió que estas estimaciones anteriores sobrestimaron la transmisibilidad de la variante y que el aumento de la transmisibilidad estaba en los extremos inferiores de estos rangos. [38] [39]
El Ministerio de Salud, Bienestar y Deporte de los Países Bajos calculó, basándose en la secuenciación genómica de los casos positivos, cada semana la tasa de transmisibilidad de la variante en comparación con el tipo salvaje local, y descubrió que fluctuaba entre un 28% y un 47% más durante las primeras seis semanas de 2021. [40] En comparación, el Statens Serum Institut danés calculó que era un 55% (48%–62%) más transmisible en Dinamarca basándose en el desarrollo observado de su frecuencia relativa del 4 de enero al 12 de febrero de 2021. [41] El Instituto de Medicina Social y Preventiva (ISPM) de la Universidad de Berna calculó la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 basándose en el desarrollo semanal de su fracción observada de todos los positivos de Covid-19 durante toda la pandemia, y descubrió que para intervalos de confianza del 95% bajo el supuesto de un número de reproducción de tipo salvaje Rw≈1 y un tiempo de generación exponencial de 5,2 días, la transmisibilidad era: 52% (45%–60%) más alto en comparación con el tipo salvaje en Dinamarca y 51% (42%–60%) más alto en comparación con el tipo salvaje en Suiza. [42]
El 18 de diciembre de 2020, al principio de la evaluación de riesgos de la variante, el organismo asesor científico del Reino Unido, New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (NERVTAG), concluyó que tenían una confianza moderada en que la VOC-202012/01 era sustancialmente más transmisible que otras variantes, pero que no había datos suficientes para llegar a ninguna conclusión sobre el mecanismo subyacente de mayor transmisibilidad (por ejemplo, mayor carga viral, distribución tisular de la replicación del virus, intervalo serial, etc.), la distribución por edad de los casos o la gravedad de la enfermedad. [29] Los datos vistos por NERVTAG indicaron que el número de reproducción relativo ("ventaja multiplicativa") se determinó en 1,74, es decir, la variante es un 74% más transmisible, asumiendo un intervalo generacional de 6,5 días. Se demostró que la variante creció rápidamente de forma exponencial con respecto a las otras variantes. [43] [44] [45] La variante superó a la variante ancestral por un factor de cada dos semanas. Otro grupo llegó a conclusiones similares, generando una ventaja replicativa, independiente de las "medidas de protección", de 2,24 por generación de 6,73 días, superando a la variante ancestral cada dos semanas. [46] De manera similar, en Irlanda, la variante, como lo indica la detección del gen S faltante [c] ( fallo del objetivo del gen S [SGTF]), que históricamente era poco común, pasó del 16,3% al 46,3% de los casos en dos semanas. Esto demuestra, con base en las estadísticas de 116 muestras positivas, que la variante tuvo un crecimiento relativamente mayor por un factor de , en comparación con el crecimiento promedio de todas las demás variantes al final de este período de dos semanas. [48] La variante se convirtió en la variante dominante en Londres, el este de Inglaterra y el sureste desde niveles bajos en uno a dos meses. Un aumento de las infecciones por SARS-CoV-2 alrededor del comienzo del nuevo año se considera [¿ por quién? ] como el resultado de la elevada transmisibilidad de la variante, mientras que las otras variantes estaban en declive. [49] [50] [51]
Uno de los cambios más importantes en el linaje B.1.1.7 parece ser N501Y , [22] un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición de aminoácido 501. [52] Esto se debe a su posición dentro del dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína de pico, más específicamente dentro del motivo de unión al receptor (RBM), [53] una parte del RBD [54] —que se une a la ECA2 humana . [55] Las mutaciones en el RBD pueden cambiar el reconocimiento de anticuerpos y la especificidad de unión de la ECA2 [55] y hacer que el virus se vuelva más infeccioso ;. [22] Chand et al. concluyeron que "[e]s muy probable que N501Y afecte la afinidad de unión al receptor de la proteína de pico, y es posible que esta mutación sola o en combinación con la deleción en 69/70 en el dominio N-terminal (NTD) esté mejorando la transmisibilidad del virus". [56] A principios de 2021, un artículo revisado por pares descubrió que la deleción HV 69-70 mencionada in vitro "parecía tener una infectividad dos veces mayor en una sola ronda de infección en comparación con [ el SARS-CoV-2 de tipo salvaje ]" en pseudovirus lentivirales del SARS-CoV-2 . [57]
Utilizando el enfoque in silico, Shahhosseini et al. demostraron que la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 forma un enlace de H más corto (longitud de 2,94 Å) que su contraparte en el residuo de la variante de tipo salvaje (WT) N501, lo que indica que en el linaje B.1.1.7 el RBD y hACE2 tienen una interacción estable. Además, la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 contribuye más negativamente a la energía libre de unión (BFE) (-7,18 kcal/mol) que su contraparte en el residuo de la variante WT N501 (-2,92 kcal/mol). Como resultado de la combinación de los resultados de la BFE y la interacción molecular, la mutación N501Y en el RBD fortalece la afinidad de unión del RBD del SARS-CoV-2 a hACE2. [58]
En un análisis detallado de afinidad y cinética de la interacción entre el RBD de Spike y ACE2, se descubrió que la mutación N501Y mejoraba significativamente la afinidad de unión entre el RBD y ACE2 aproximadamente 10 veces, lo que resulta de un aumento de 1,8 veces en la constante de tasa de asociación (kon) y una disminución de 7 veces en la constante de tasa de disociación (koff). [59]
Virulencia
Los estudios de cohorte emparejados de la variante Alpha (linaje B.1.1.7) encontraron una tasa de mortalidad más alta que las variantes circulantes anteriores en general, [60] [61] pero no en pacientes hospitalizados. [62] Un estudio ecológico no encontró diferencias en la mortalidad en general. [63]
Inicialmente, NERVTAG dijo el 18 de diciembre de 2020 que no había suficientes datos para llegar a una conclusión sobre la gravedad de la enfermedad. En la reunión informativa del primer ministro Boris Johnson al día siguiente, los funcionarios dijeron que "no había evidencia" a esa fecha de que la variante causara una mayor mortalidad o se viera afectada de manera diferente por las vacunas y los tratamientos; [64] Vivek Murthy estuvo de acuerdo con esto. [65] Susan Hopkins , asesora médica conjunta de NHS Test and Trace y Public Health England (PHE), declaró a mediados de diciembre de 2020: "Actualmente no hay evidencia de que esta cepa cause una enfermedad más grave, aunque se está detectando en una amplia geografía, especialmente donde se están detectando más casos". [22] Sin embargo, alrededor de un mes después, el 22 de enero de 2021, Johnson dijo que "hay alguna evidencia de que la nueva variante [VOC-202012/01]... puede estar asociada con un mayor grado de mortalidad", aunque Sir Patrick Vallance , el Asesor Científico Jefe del gobierno , enfatizó que aún no hay suficiente evidencia para estar completamente seguro de esto. [66]
En un artículo que analiza doce estudios diferentes sobre la tasa de mortalidad del linaje B.1.1.7 en relación con otros linajes, se encontró que tenía una tasa de mortalidad más alta (71% según LSHTM, 70% según la Universidad de Exeter, 65% según Public Health England y 36% según Imperial College London), y NERVTAG concluyó: "Según estos análisis, es probable que la infección con VOC B.1.1.7 esté asociada con un mayor riesgo de hospitalización y muerte en comparación con la infección con virus no VOC". [67] Los resultados de los estudios de muerte se asociaron con una incertidumbre alta e intervalos de confianza, debido a un tamaño de muestra limitado relacionado con el hecho de que el Reino Unido solo analizó el estado de VOC para el 8% de todas las muertes por COVID-19. [68]
Un estudio de casos y controles del Reino Unido para 54.906 participantes que dieron positivo para SARS-CoV-2 entre el 1 de octubre de 2020 y el 29 de enero de 2021 en el entorno comunitario (sin incluir a personas vulnerables de centros de atención y otras instituciones públicas), informó que los pacientes infectados con la variante Alfa (VOC 202012/1) tenían un cociente de riesgo de muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba de 1,64 (intervalo de confianza del 95%: 1,32-2,04), en comparación con pacientes emparejados positivos para otras variantes del SARS-CoV-2. [69] También en el Reino Unido, un análisis de supervivencia de 1.146.534 participantes que dieron positivo en la prueba del SARS-CoV-2 entre el 1 de noviembre de 2020 y el 14 de febrero de 2021, incluidos individuos de la comunidad y de residencias de ancianos y de cuidados, encontró un cociente de riesgo de 1,61 (intervalo de confianza del 95 % 1,42-1,82) para la muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba entre individuos infectados con el linaje B.1.1.7; no se encontraron diferencias significativas en el aumento del riesgo de muerte asociado con el linaje B.1.1.7 entre individuos que difieren en edad, sexo, etnia, nivel de privación o lugar de residencia. [61] Ambos estudios se ajustaron para variar la mortalidad por COVID-19 por región geográfica y a lo largo del tiempo, corrigiendo los posibles sesgos debidos a las diferencias en las tasas de pruebas o las diferencias en la disponibilidad de servicios hospitalarios a lo largo del tiempo y el espacio. [ cita requerida ]
Un estudio danés descubrió que las personas infectadas por el linaje B.1.1.7 tenían un 64% (32%–104%) más de probabilidades de ser ingresadas en hospitales en comparación con las personas infectadas por otro linaje. [70]
La secuenciación genética de VOC-202012/01 ha mostrado una mutación Q27stop que "trunca la proteína ORF8 o la vuelve inactiva". [19] Un estudio anterior de variantes del SARS-CoV-2 que eliminaron el gen ORF8 señaló que "se han asociado con síntomas más leves y un mejor pronóstico de la enfermedad". [71] El estudio también señaló que "el ORF8 del SARS-CoV-2 es una proteína similar a la inmunoglobulina (Ig) que modula la patogénesis ", que "el ORF8 del SARS-CoV-2 media la degradación del complejo mayor de histocompatibilidad I (MHC-I)" y que "el ORF8 del SARS-CoV-2 suprime la respuesta antiviral mediada por interferón tipo I (IFN)". [71]
En referencia a la posición del aminoácido 501 dentro de la proteína de la espícula, Chand et al. concluyeron que "es posible que las variantes en esta posición afecten la eficacia de la neutralización del virus", [56] pero señalaron que "actualmente no hay datos de neutralización de N501Y disponibles a partir de sueros policlonales de infección natural". [56] Sin embargo, la deleción de HV 69-70 se ha descubierto "en virus que eludieron la respuesta inmunitaria en algunos pacientes inmunodeprimidos ", [72] y también se ha encontrado "en asociación con otros cambios de RBD ". [56]
Epidemiología
Las curvas de crecimiento determinadas por la prueba en una escala logarítmica, para el desarrollo de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) compartida entre todas las muestras positivas de coronavirus en Dinamarca, los Países Bajos, el Reino Unido, Portugal, Suiza e Irlanda. [78] Las pendientes señaladas entre paréntesis son la tasa de crecimiento exponencial relativa por día (por ejemplo, 7,6% por día para Dinamarca).Las curvas de crecimiento determinadas por la prueba en una escala logarítmica, para el desarrollo de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) se comparten entre todas las muestras positivas de coronavirus en el Reino Unido, los países del Reino Unido y las regiones de Inglaterra. [81] Las pendientes señaladas entre paréntesis son la tasa de crecimiento exponencial relativa por día (por ejemplo, 8,6 % por día para el Reino Unido).
Se estima que la mayoría de los países no notifican los casos de la variante Alfa (linaje B.1.1.7), ya que las pruebas más utilizadas no distinguen entre esta variante y otras variantes del SARS-CoV-2, y muchas infecciones por SARS-CoV-2 no se detectan en absoluto. Se requiere la secuenciación de ARN para la detección de esta variante, [82] aunque la prueba RT-PCR para variantes específicas [d] se puede utilizar como una prueba sustitutiva para Alfa, o como una prueba complementaria de primera detección antes de realizar la secuenciación del genoma completo . [83] [75]
Hasta el 23 de marzo, la variante Alfa se había detectado en 125 de los 241 estados soberanos y dependencias (o 104 de los 194 países miembros de la OMS ), [e] de los cuales algunos habían informado de la existencia de transmisión comunitaria, mientras que otros hasta ahora solo habían encontrado casos relacionados con viajes. [87] Hasta el 16 de marzo, se había convertido en la variante dominante de COVID-19 en 21 países: Reino Unido (semana 52), Irlanda (semana 2), Bulgaria (semana 4), Eslovaquia (semana 5), Israel (semana 5), Luxemburgo (semana 5), Portugal (semana 6), Dinamarca (semana 7), Países Bajos (semana 7), Noruega (semana 7), Italia (semana 7), Bélgica (semana 7), Francia (semana 8), Austria (semana 8), Suiza (semana 8), Liechtenstein (semana 9), Alemania (semana 9), Suecia (semana 9), España (semana 9), Malta (semana 10) y Polonia (semana 11). Se ha detectado la aparición y la rápida propagación de la nueva variante en el Líbano y se ha observado una relación entre la intensidad de la transmisión del SARS-CoV-2 y la frecuencia de la nueva variante durante los primeros doce días de enero. [88] En febrero, Alpha se convirtió en la variante dominante en el Líbano. [89]
Propagación en el Reino Unido
El primer caso probablemente se produjo a mediados de septiembre de 2020 en Londres o Kent , Reino Unido. [90] La variante se secuenció en septiembre. [91] Hasta el 13 de diciembre de 2020, se habían identificado 1.108 casos con esta variante en el Reino Unido en casi 60 autoridades locales diferentes. Estos casos se dieron predominantemente en el sureste de Inglaterra . La variante también se ha identificado en Gales y Escocia. [92] En noviembre, alrededor de una cuarta parte de los casos de la pandemia de COVID-19 en Londres estaban siendo causados por la nueva variante, y en diciembre, esa cifra era un tercio. [93] A mediados de diciembre, se estimó que casi el 60 por ciento de los casos en Londres involucraban a Alpha. [94] Para el 25 de enero de 2021, el número de casos confirmados y probables en el Reino Unido había aumentado a 28.122. [95]
En Bulgaria, la secuenciación del genoma encontró que la variante era dominante con un 52,1% en la semana 4, seguida por un 73,4% en la semana 9. [97]
Distribución de las variantes del virus SARS-CoV-2 tras su entrada en Alemania
También en Eslovaquia, una prueba RT-PCR Multiplex DX capaz de detectar las 2 deleciones específicas para el linaje B.1.1.7 (ΔH69/ΔV70 y ΔY144), [98] encontró por primera vez la variante a nivel nacional en el 74% de los casos el 3 de febrero (semana 5), seguida por el 72% de los casos el 15 de febrero (semana 7), y luego creció al 90% de los casos el 3 de marzo (semana 9). [99] La misma prueba encontró anteriormente, el 8 de enero, una prevalencia de la variante a una tasa del 36% en el distrito de Michalovce y del 29% en Nitra . [100]
En Luxemburgo, una secuenciación genómica semanal reveló que la variante creció del 0,3 % (semana 51) a ser dominante con una participación del 53,0 % en la semana 5, aunque los resultados podrían no ser completamente representativos debido al hecho de que no se produjo ninguna corrección del posible sesgo de selección de destinatarios debido al rastreo de contactos, los viajeros del aeropuerto y los brotes locales. La secuenciación genómica de un grupo de prueba aleatorio representativo de la población, sin sesgo de selección de destinatarios, se realizó desde la semana 6, y confirmó el estado dominante de la variante a una tasa del 54,1 % (semana 6) que creció al 62,8 % (semana 9), mientras que se encontró que la variante Beta competidora (linaje B.1.351) estaba en el 18,5 % en la semana 9. [105]
En Dinamarca, la variante creció del 0,3% (semana 46 de 2020) a convertirse en dominante con el 65,9% (semana 7 de 2021), y creció aún más hasta el 92,7% (semana 10); la prevalencia regional oscilaba entre el 87,3% en la región de Jutlandia del Norte y el 96,1% en la región de Dinamarca Central . [106] El crecimiento observado de la proporción relativa de variantes estuvo en total concordancia con el pronóstico modelado anterior, [41] que había predicho el predominio (más del 50%) alrededor de mediados de febrero y una prevalencia de alrededor del 80% del total de variantes circulantes a principios de marzo. [107] En comparación, la secuenciación del genoma solo encontró la variante Beta competidora en el 0,4% de los casos positivos (9 veces de 2315 pruebas) en la semana 10. [108] [109]
En los Países Bajos, una secuenciación genómica realizada aleatoriamente encontró que la variante creció del 1,3% de los casos en la semana 49 a una participación dominante del 61,3% en la semana 7, seguida del 82,0% en la semana 9; mientras que se encontró que la variante Beta competidora en comparación estaba en el 3,0% en la semana 9. [74] En Ámsterdam, la variante Alfa (linaje B.1.1.7) creció del 5,2% (semana 52) al 54,5% (semana 6). [110]
En Noruega, la secuenciación del genoma encontró que la variante creció del 5,7% (semana 1) al predominio en un 58,4% (semana 7), seguido del 65,0% (semana 8). [111] Otra gran encuesta que comprendía los resultados tanto de la secuenciación del genoma como de las pruebas proxy de PCR, con una toma de muestra de más de 1000 pruebas por semana (desde la semana 4), encontró al mismo tiempo que la variante creció del 2,0% (semana 48) al predominio en un 60,0% (semana 7), seguido del 72,7% en la semana 10, mientras que solo el 2,2% de los casos en comparación se encontró que eran de la variante Beta. [112] La variante regionalmente tuvo su mayor participación en el condado de Oslo y Viken , [113] creciendo del 18% al 90% de las muestras analizadas en Oslo del 20 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida de datos un poco más baja en 50-70% el 23 de febrero); mientras que creció del 21% al 80% de las muestras analizadas en Viken del 25 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida de datos un poco más baja en 50% el 23 de febrero). [114] Para el período del 15 de febrero al 14 de marzo, la encuesta combinada de secuenciación del genoma y pruebas proxy de PCR, también encontró que la variante Alpha estaba en una tasa dominante de más del 50% para 8 de las 11 regiones, con su tasa más alta (82%) encontrada para Oslo; mientras que la región Nordland fue diferente de todas las demás regiones al tener solo un 6% de casos de Alpha junto con un 88% dominante de casos representados por la variante Beta. [112]
En Portugal, la variante representó según una encuesta nacional de secuenciación del genoma: 16,0% de las infecciones por Covid-19 durante el 10-19 de enero (semana 2), [115] seguida de un 58,2% dominante en la semana 6. [116] Una prueba proxy nacional de RT-PCR basada en observaciones de SGTF y SGTL encontró la variante a una tasa del 33,5% en la semana 4, pero observó después un ritmo de desaceleración para el aumento semanal de la proporción de la variante (razón desconocida), y según este estudio solo se volvió dominante en un 50,5% (91,8% del 55,0% SGTFL) en la semana 8, seguida del 64,3% (91,8% del 70% SGTFL) en la semana 10. [75]
En Italia, la variante Alpha representó el 17,8% de los casos a nivel nacional el 4 y 5 de febrero (semana 5), [117] seguida del 54,0% el 18 de febrero (semana 7). La prevalencia regional para la semana 7 varió del 0% en el Valle de Aosta (aunque solo se analizó una muestra) al 93,3% en Molise . En la semana 7, la variante competidora Gamma tuvo una prevalencia del 4,3% (que oscilaba entre el 0% y el 36,2% a nivel regional) y la variante sudafricana una prevalencia del 0,4% (que oscilaba entre el 0% y el 2,9% a nivel regional). [118]
En Suiza, una encuesta semanal de secuenciación genómica a nivel nacional encontró que la variante Alfa creció del 0,05% (semana 51) a un 58,2% dominante de los casos en la semana 8, seguido del 71,1% en la semana 9. [76] Esto estuvo en total concordancia con un modelo del 9 de febrero que había pronosticado el predominio alrededor de mediados de febrero. [119] En comparación, la variante Beta competidora solo se encontró a nivel nacional en el 1,0% de los casos positivos en la semana 9. [76]
En Bélgica, la secuenciación genómica de muestras seleccionadas aleatoriamente después de excluir todas las muestras de pruebas dirigidas activas relacionadas con brotes locales o viajes (creando una muestra nacional estadísticamente representativa con una captura igual al 4,4% de todas las pruebas positivas de COVID-19), encontró que la proporción de la variante Alfa aumentó del 7,1% en la semana 1 a un dominante 51,5% en la semana 7, seguido del 79,3% en la semana 10. [120] La variante se detectó por primera vez mediante secuenciación genómica dirigida en la semana 49, pero debido a una pequeña captura de muestra (no al ser aleatoria y menos de 100 pruebas por semana), no se pudieron determinar datos confiables de la proporción de variantes antes de la semana 1. [121] La prueba proxy para la variante (RT-PCR SGTF) también se realizó para una captura de muestra igual al 25,8% de todas las pruebas positivas de COVID-19, y encontró una tasa dominante de SGTF del 54,8% para la semana 10. En comparación, se encontró que la variante Beta competidora estaba en 3,6% y la variante Gamma tuvo una prevalencia del 1,8% en la semana 10. [120]
En Francia, los científicos pronosticaron con precisión que la variante Alfa (VOC-202012/01) probablemente se volvería dominante a nivel nacional alrededor de la semana 8-11 de 2021. [122] Una encuesta a nivel nacional de muestras positivas de COVID-19 seleccionadas al azar, analizadas primero mediante una prueba de detección de RT-PCR y posteriormente confirmadas mediante secuenciación del genoma, reveló que la variante creció de una participación del 3,3% (388/11916) el 7 y 8 de enero (semana 1) [123] al 13,3% (475/3561) el 27 de enero (semana 4), [85] seguida del 44,3% (273/615) el 16 de febrero (semana 7). [85] En la semana 8, se encontró que la variante tenía una participación dominante del 56,4% (758/1345) según los resultados interpretables de una encuesta semanal de secuenciación del genoma que comprendía el 0,9% de todas las pruebas positivas de COVID-19, o el 59,5% según una encuesta de RT-PCR específica de la variante que probó el 54% de todas las pruebas positivas de COVID-19. [124] En la semana 10, se encontró que la variante tenía una participación del 71,9% según una encuesta de RT-PCR específica de la variante que probó el 56,9% de todas las pruebas positivas de COVID-19. La propagación de la variante difirió regionalmente para los 96 departamentos ubicados en Francia metropolitana durante la semana 10, con 91 departamentos con más del 50% y 5 departamentos con 30%-50% (de los cuales el departamento de Mosela en particular fue notable debido a encontrar una alta tasa de 38,3% de la variante Beta competidora, que, a pesar de haber disminuido de un valor dominante de 54,4% en la semana 8, todavía estaba significativamente por encima del promedio nacional de 5,0% para esta variante específica). [125]
En Austria, la Agencia de Seguridad Sanitaria y Nutricional (AGES) recopiló datos de pruebas específicas de RT-PCR N501Y combinadas con un análisis posterior de secuenciación genómica y descubrió que la variante creció del 7,2 % (semana 1) a un 61,3 % dominante (semana 8), seguido del 61,2 % en la semana 9 y del 48,3 % en la semana 10. Si todas las pruebas positivas de N501Y se hubieran analizado más a fondo mediante secuenciación genómica, estas proporciones enumeradas podrían haber sido incluso mayores, por ejemplo, podrían haber sido hasta: 2,4 % más altas para la semana 1, 23,0 % más altas para la semana 7, 4,0 % más altas para la semana 8, 6,8 % más altas para la semana 9 y 25,4 % más altas para la semana 10. La variante Beta competidora solo se encontró a nivel nacional en el 0,3 % de los casos positivos en la semana 10, y para la región del Tirol , donde había sido más frecuente: su participación disminuyó del 24,5% en la semana 4 a solo el 1,9% en la semana 10. A nivel regional, se encontró que Alpha era dominante con más del 50% en 7 de las 9 regiones , con las únicas dos excepciones siendo Tirol y Vorarlberg . [126]
En Alemania, la encuesta nacional más grande y probablemente más representativa publicada por el Instituto Robert Koch (titulada RKI-Testzahlerfassung ), determinó la proporción de variantes de COVID-19 circulantes durante la última semana analizando 53.272 muestras positivas de COVID-19, ya sea por secuenciación genómica o pruebas proxy RT-PCR, con datos recopilados de forma voluntaria de 84 laboratorios del sector universitario / de investigación / clínico / ambulatorio, distribuidos uniformemente en todo el país. La encuesta no utilizó ponderaciones de datos ni criterios de selección de datos para garantizar la existencia de representatividad geográfica, pero aún así podría considerarse algo representativa del promedio nacional debido a su gran captura de muestra. Según la encuesta del RKI-Testzahlerfassung , la variante creció de una participación del 2,0% (semana 2) a una participación dominante del 54,5% (semana 9), seguida del 63,5% en la semana 10. En comparación, la variante competidora Beta solo se encontró a nivel nacional en el 0,9% de los casos positivos en la semana 10. [127]
En Malta, la variante se detectó por primera vez mediante secuenciación genómica el 30 de diciembre de 2020, [128] y representó el 8% de los casos positivos en la semana 7. [129] Se introdujo una nueva prueba específica de variante RT-PCR para la vigilancia, [130] donde los primeros resultados informados el 10 de marzo revelaron que la variante ahora representaba el 61% de los casos a nivel nacional. [131]
En Suecia, las autoridades nacionales inicialmente esperaban que la variante se volviera dominante alrededor de la semana 12-14 bajo el supuesto de un aumento del 50% en la transmisibilidad en comparación con el virus original. [132] En promedio, se encontró que la proporción de la variante creció del 10,8% (semana 4) al 36,9% (semana 7) en cinco de sus regiones del sur ( Skane , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ). [133] Para la semana 7, la proporción de la variante se calculó por primera vez también en 30,4% como promedio general para 19 de las 21 regiones suecas (variando del 3,3% en Blekinge al 45% en Gävleborg). Para la semana 9, se calculó que la proporción de la variante era un 56,4% dominante como promedio general para las 19 regiones (desde el 16% en Kronoberg hasta el 72% en Gävleborg). Para la semana 10, se calculó que la proporción de la variante había aumentado aún más hasta el 71,3% como promedio general para las 19 regiones (desde el 40% en Kronoberg hasta el 84% en Jönköping ). Aunque no se aplicaron ponderaciones geográficas para garantizar la representatividad geográfica del promedio calculado para las 19 regiones, la muestra general de 12.417 pruebas de variantes representó el 43,1% de todas las pruebas de PCR positivas para COVID-19 para la semana 10, lo que infiere que el resultado de la encuesta podría estar cerca de representar el promedio real real para la nación en su conjunto. [86]
En el microestado de Liechtenstein , el primer caso de Alfa se detectó el 19 de diciembre de 2020. Durante toda la pandemia, se detectaron 67 casos positivos de PCR de VOC-N501Y que comprendían 58 casos de Alfa, 1 de Beta (detectado el 1 de febrero) y 8 casos de N501Y no identificados (del 10 de diciembre al 22 de febrero), hasta el 18 de marzo de 2021. El promedio semanal de cada día calculado como promedio móvil de 7 días para la proporción de todos los casos de VOC-N501Y detectados (que es un buen indicador de Alfa en Liechtenstein), fue del 10,9% en la semana 5, seguido de un 52,2% dominante en la semana 9 (donde se encontró que 8 de 15 pruebas eran Alfa); y creció aún más al 73,4% en la semana 10 (donde se encontró que 6 de 9 pruebas eran Alfa). [134]
En España, la proporción de la variante se estimó en todo el país en el 5%-10% de los casos el 29 de enero, [135] seguida del 20%-25% de los casos el 18 de febrero [136] [137] y del 25%-30% de los casos el 22 de febrero, [138] y se estimó que era dominante con más del 50% al 3 de marzo (semana 9). [139] A la semana 10, la prevalencia de la variante oscilaba entre el 18,3% y el 97,0% para las 17 regiones , y todas las regiones excepto dos tenían una tasa dominante por encima del 50%: [140]
En Polonia, una encuesta nacional entre profesores infectados llevó a los expertos a estimar que la proporción de la variante estaba entre el 5% y el 10% a nivel nacional al 11 de febrero, [141] mientras que el ECDC informó que era del 9% al 15 de febrero. [142] Según el ministro de Salud , Adam Niedzielski , la variante se encontró a una tasa del 5% en los primeros estudios a partir de la segunda mitad de enero, y luego aumentó en diez puntos porcentuales cada diez días, hasta que se volvió dominante a nivel nacional con una tasa del 52% el 16 de marzo (semana 11). [143] [144] A nivel regional, la variante ya había superado el 70% para Varmia y Masuria y Pomerania el 22 y 23 de febrero (semana 8), [145] e incluso alcanzó el 90% para el Voivodato de Gran Polonia el 17 de marzo (semana 11). [146]
En Finlandia, hasta febrero de 2021 no se había realizado ninguna encuesta nacional estadísticamente representativa, ya que la secuenciación genómica nacional se centró principalmente en el análisis adicional de muestras positivas de COVID-19 de viajeros y grupos de brotes locales. [147] El Hospital Universitario de Helsinki (HUS), que opera en el Distrito Hospitalario de Helsinki y Uusimaa , encontró la variante en el 10% de todas las muestras recogidas al azar durante unos días antes del 14 de febrero en la región de la capital (también conocida como circunscripción de Helsinki y circunscripción de Uusimaa ). Para la región de la capital, se modeló que la variante se volvería dominante (más del 50%) en la segunda mitad de marzo (semana 11-13). [148]
En Islandia , las autoridades nacionales implementaron un estricto régimen de tres pruebas y cuarentena para todas las personas que ingresaban al país desde el extranjero, que hasta el momento logró evitar que nuevas VOC infecciosas se establecieran en el país. Hasta el 4 de marzo, un total de 90 viajeros habían dado positivo para la variante Alfa en las fronteras de Islandia y los 20 casos nacionales adicionales estaban todos estrechamente relacionados con los casos fronterizos, sin casos relacionados con la transmisión comunitaria. [149]
Propagación en América del Norte
En Estados Unidos, la variante apareció por primera vez a fines de noviembre de 2020, [150] creció desde el 1,2% a fines de enero y se volvió predominante alrededor de fines de marzo. [151] [152] La propagación de la variante se concentró principalmente en el medio oeste superior del país, especialmente en los estados de Michigan y Minnesota , pero no logró propagarse en altas concentraciones a otras partes del país. [153]
En Canadá, la variante apareció por primera vez en Ontario a fines de diciembre de 2020. [154] Para el 13 de febrero, se había extendido a las diez provincias. [155] Las pruebas y la confirmación de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) en muestras positivas para COVID-19 han sido inconsistentes en todo el país. [156] El 3 de febrero, la provincia de Alberta fue la primera en examinar todas las muestras positivas para COVID-19 en busca de variantes preocupantes. [156] [157] Hasta el 23 de marzo, la variante Alfa se había detectado en 5812 casos y era más prevalente en la provincia de Alberta . [158] En Ontario, un estudio combinado de RT-PCR (N501Y) y secuenciación del genoma encontró que todas las VOC representaban el 4,4% de todos los positivos para COVID-19 el 20 de enero (semana 3), y que Alfa comprendía el 99% de todas esas VOC. [159] Los laboratorios de Salud Pública de Ontario encontraron la variante en cerca del 7% de todos los positivos de COVID-19 en la semana 5, lo que representa el 97% (309/319) de todas las VOC detectadas. [160] La variante Alfa se convirtió en la variante dominante el 16 de marzo o alrededor de esa fecha; el 53% de todos los casos positivos fueron VOC, y se presume que el 97% de las VOC eran Alfa. [161] En Quebec , donde la variante también estaba muy extendida, se esperaba que se volviera dominante a fines de marzo o en abril. [162]
Desarrollo
Los siguientes países adicionales no informaron porcentajes de variantes, pero es probable que tengan un porcentaje significativo presente debido a que encontraron más de 50 casos confirmados por secuenciación del genoma completo al 13 de marzo de 2021: [176]
La base de datos GISAID de todos los genomas secuenciados de COVID-19 calcula para cada país, durante las últimas cuatro semanas, una "Frecuencia Genómica Relativa de Variantes" promedio para las muestras enviadas. Sin embargo, esas frecuencias observadas están sujetas a sesgos de muestreo y de notificación, y no representan la prevalencia exacta de la proporción de variantes debido a la ausencia de representatividad estadística. [176]
Países que notifican un primer caso
Diciembre de 2020
Los casos de la variante comenzaron a notificarse a nivel mundial durante diciembre, siendo notificados en Dinamarca , [64] [177] Bélgica , [178] los Países Bajos , Australia [64] [177] e Italia . [179] Poco después, varios otros países confirmaron sus primeros casos, los primeros de los cuales se encontraron en Islandia y Gibraltar , [180] [181] luego Singapur , Israel e Irlanda del Norte el 23 de diciembre, [182] [183] [184] Alemania y Suiza el 24 de diciembre, [185] [186] y la República de Irlanda y Japón confirmados el 25 de diciembre. [187] [188]
Los primeros casos en Canadá , Francia , Líbano , España y Suecia se notificaron el 26 de diciembre. [189] [190] [191] [192] Jordania , Noruega y Portugal notificaron su primer caso el 27 de diciembre, [193] [194] Finlandia y Corea del Sur notificaron sus primeros casos el 28 de diciembre, [195] [196] y Chile , India , Pakistán y los Emiratos Árabes Unidos notificaron sus primeros casos el 29 de diciembre. [197] [198] [199] [200] El primer caso de la nueva variante en Malta y Taiwán se notificó el 30 de diciembre. [128] [201] China y Brasil notificaron sus primeros casos de la nueva variante el 31 de diciembre. [202] [203] El Reino Unido y Dinamarca están secuenciando sus casos de SARS-CoV-2 a tasas considerablemente más altas que la mayoría de los demás, [204] y se consideró probable que otros países detectaran la variante más tarde. [205]
Estados Unidos informó de un caso en Colorado sin antecedentes de viajes el 29 de diciembre, la muestra se tomó el 24 de diciembre. [206] El 6 de enero de 2021, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU. anunciaron que habían encontrado al menos 52 casos confirmados en California , Florida , Colorado, Georgia y Nueva York . [207] En los días siguientes, se informaron más casos de la variante en otros estados, lo que llevó al exdirector de los CDC, Tom Frieden, a expresar su preocupación de que Estados Unidos pronto se enfrentará a "un escenario cercano al peor de los casos". [208]
Enero de 2021
Turquía detectó sus primeros casos en 15 personas de Inglaterra el 1 de enero de 2021. [209] El 1 de enero se informó de que Dinamarca había detectado un total de 86 casos de la variante, lo que equivale a una frecuencia general de menos del 1% de los casos secuenciados en el período comprendido entre su primera detección en el país a mediados de noviembre y finales de diciembre; [210] [211] esta frecuencia había aumentado al 1,6% de las pruebas secuenciadas en el período comprendido entre mediados de noviembre y la segunda semana de 2021, y el 7% de las pruebas secuenciadas solo en esta semana eran de la variante Alfa (linaje B.1.1.7). [212] Luxemburgo y Vietnam notificaron su primer caso de esta variante el 2 de enero de 2021. [213] [214]
El 3 de enero de 2021, Grecia y Jamaica detectaron sus primeros cuatro casos de esta variante [215] [216] y Chipre anunció que había detectado Alpha (VOC 202012/01) en 12 muestras. [217] Al mismo tiempo, Nueva Zelanda y Tailandia notificaron sus primeros casos de esta variante, donde la primera notificó seis casos compuestos por cinco del Reino Unido y uno de Sudáfrica, [218] y el segundo notificó los casos de una familia de cuatro personas que había llegado de Kent. [219] Georgia notificó su primer caso [220] y Austria notificó sus primeros cuatro casos de esta variante, junto con un caso de la variante Beta , el 4 de enero. [221]
El 5 de enero, Irán , [222] Omán , [223] y Eslovaquia notificaron sus primeros casos de VOC-202012/01. [224] El 8 de enero, Rumania notificó su primer caso de la variante, una mujer adulta del condado de Giurgiu que declaró no haber salido del país recientemente. [225] El 9 de enero, Perú confirmó su primer caso de la variante. [226] México y Rusia notificaron su primer caso de esta variante el 10 de enero, [227] luego Malasia y Letonia el 11 de enero. [228] [229]
El 12 de enero, Ecuador confirmó su primer caso de esta variante. [ 230 ] Filipinas y Hungría detectaron la presencia de la variante el 13 de enero. [231] [232] Gambia registró los primeros casos de la variante el 14 de enero, siendo la primera confirmación de la presencia de la variante en África. [233] El 15 de enero, la República Dominicana confirmó su primer caso de la nueva variante [234] y Argentina confirmó su primer caso de la variante el 16 de enero. [235] La República Checa y Marruecos notificaron sus primeros casos el 18 de enero [236] [237] mientras que Ghana y Kuwait confirmaron sus primeros casos el 19 de enero. [238] [239] Nigeria confirmó su primer caso el 25 de enero. [240] El 28 de enero, Senegal detectó su primer caso de la variante. [241]
A principios de enero, un brote vinculado a una escuela primaria condujo a la detección de al menos 30 casos de la nueva variante en el área de Bergschenhoek en los Países Bajos , lo que significa transmisión local. [242]
El 24 de enero, una persona que viajaba desde África a las Islas Feroe dio positivo al llegar a las islas y fue puesta directamente en cuarentena. [243]
El 28 de enero, Macedonia del Norte confirmó que se había detectado la variante en un hombre de 46 años, que ya se había recuperado. [244]
Febrero de 2021
El 1 de febrero, Lituania confirmó los primeros casos del nuevo linaje. [ cita requerida ] El 4 de febrero, las autoridades sanitarias de Uruguay anunciaron el primer caso de la variante en el país. El caso se detectó en una persona que ingresó al país el 20 de diciembre de 2020 y ha estado en cuarentena desde entonces. [245] El 10 de febrero, el Ministerio de Salud de Croacia confirmó que de 61 muestras secuenciadas desde el 20 de enero, la variante se detectó en 3 muestras: un hombre de 50 años y 3,5 años de Zagreb , y un hombre de 34 años del condado de Brod-Posavina. [246] El 12 de febrero, la variante se detectó en cuatro áreas de Sri Lanka, [247] y la provincia canadiense de Terranova y Labrador confirmó un brote de la variante. [248]
Marzo de 2021
El 2 de marzo, Indonesia notificó sus primeros casos de la variante en dos trabajadores migrantes que regresaban de Arabia Saudita. [249] El mismo día, Túnez [250] notificó sus primeros casos de la variante. La presencia de la variante en Costa de Marfil se confirmó el 25 de marzo. [251]
Mutación N501Y en otras partes
La mutación N501Y surgió de forma independiente varias veces en diferentes lugares:
En abril de 2020, se vio por primera vez en algunas secuencias aisladas en Brasil . [252]
En junio de 2020, la mutación apareció en un linaje australiano . [252]
En septiembre de 2020, se encontró en un linaje en Gales , que evolucionó de forma independiente y era diferente del linaje B.1.1.7. [52]
En septiembre de 2020, [1] se detectó por primera vez en Kent (Inglaterra) el linaje B.1.1.7 (501Y.V1), mucho más transmisible y extendido. [19]
En octubre de 2020, se detectó por primera vez mediante secuenciación genómica otra variante altamente transmisible y preocupante, denominada linaje B.1.351 (501Y.V2, variante Beta ), en Nelson Mendela Bay (Sudáfrica). [253] El análisis filogeográfico sugiere que este linaje surgió ya en julio o agosto de 2020. [254]
En diciembre de 2020, [255] se detectó otra variante altamente transmisible denominada linaje P.1 (501Y.V3, variante Gamma ) en Manaus (Brasil). [256]
Estadística
Mesa
Gráficos
Casos confirmados por países
Nota: Los gráficos que se presentan aquí solo se pueden ver en computadoras y algunos teléfonos. Si no puede verlos en su teléfono celular, cambie al modo de escritorio desde su navegador.
Los datos proporcionados por diversas fuentes, como; gubernamentales, prensa o funcionarios, se actualizan cada semana desde su última publicación.
>100 000 cases
>10 000 cases
>1 000 cases
>100 cases
Historia
Detección
Micrografía electrónica de transmisión en falso color de la variante Alpha. Se cree que la mayor transmisibilidad de la variante se debe a cambios en la estructura de las proteínas de la espícula, que se muestran aquí en verde.
La variante Alfa (linaje B.1.1.7) se detectó por primera vez a principios de diciembre de 2020 al analizar datos del genoma sabiendo que las tasas de infección en Kent no estaban disminuyendo a pesar de las restricciones nacionales. [5] [260]
Los dos primeros genomas pertenecientes al linaje B.1.1.7 se recolectaron el 20 de septiembre de 2020 en Kent y otro el 21 de septiembre de 2020 en el Gran Londres. [19] Estas secuencias se enviaron a la base de datos de secuencias GISAID (accesiones de secuencias EPI_ISL_601443 y EPI_ISL_581117, respectivamente). [261]
El rastreo inverso con evidencia genética sugiere que el linaje B.1.1.7 surgió en septiembre de 2020 y luego circuló en niveles muy bajos en la población hasta mediados de noviembre. El aumento de casos vinculados a la variante se hizo evidente por primera vez a fines de noviembre cuando Public Health England (PHE) estaba investigando por qué las tasas de infección en Kent no estaban disminuyendo a pesar de las restricciones nacionales. PHE luego descubrió un grupo vinculado a esta variante que se estaba extendiendo rápidamente a Londres y Essex . [30]
También fue importante la naturaleza de la prueba RT-PCR utilizada predominantemente en el Reino Unido, TaqPath COVID-19 de Thermo Fisher Scientific . La prueba coincide con el ARN en tres ubicaciones y dejó de funcionar para el gen de la espícula debido a la deleción de HV 69-70 (una deleción de los aminoácidos histidina y valina en las posiciones 69 y 70, respectivamente [262] ) en la proteína de la espícula del linaje B.1.1.7. Esto facilitó la identificación preliminar porque se podía sospechar mejor qué casos pertenecían al linaje B.1.1.7 a través de la secuenciación del genoma. [263]
Se ha sugerido que la variante puede haberse originado en una persona inmunodeprimida con infección crónica , lo que le dio al virus mucho tiempo para replicarse y evolucionar. [264] [5] [265] [266]
Control
Ante la presencia de una variante más transmisible, se optó por medidas de distanciamiento físico y confinamiento más fuertes para evitar abrumar a la población debido a su tendencia a crecer exponencialmente. [267]
Todos los países del Reino Unido se vieron afectados por restricciones de viajes nacionales en reacción a la mayor propagación del virus, al menos en parte atribuida a Alpha, que entraron en vigor el 20 de diciembre de 2020. [268] [269] Durante diciembre de 2020, un número cada vez mayor de países de todo el mundo anunciaron prohibiciones temporales, o estaban considerando prohibir, los viajes de pasajeros desde el Reino Unido y, en varios casos, desde otros países como los Países Bajos y Dinamarca. Algunos países prohibieron los vuelos; otros permitieron la entrada solo a sus nacionales, sujetos a una prueba de SARS-CoV-2 negativa. [270] Un portavoz de la OMS dijo que, "en toda Europa, donde la transmisión es intensa y generalizada, los países deben redoblar sus enfoques de control y prevención". La mayoría de las prohibiciones de los países de la UE fueron por 48 horas, a la espera de una reunión de respuesta política integrada a la crisis de los representantes de la UE el 21 de diciembre para evaluar la amenaza de la nueva variante y coordinar una respuesta conjunta. [271] [272]
Muchos países de todo el mundo impusieron restricciones a los viajes de pasajeros desde el Reino Unido; la vecina Francia también restringió los vehículos de transporte de mercancías tripulados (imponiendo una prohibición total antes de diseñar un protocolo de pruebas y permitir su paso una vez más). [273] Algunos también aplicaron restricciones a los viajes desde otros países. [274] [275] [276] [277] Al 21 de diciembre de 2020 [update], al menos 42 países habían restringido los vuelos desde el Reino Unido, [270] y Japón estaba restringiendo la entrada de todos los ciudadanos extranjeros después de que se detectaran casos de la nueva variante en el país. [278]
Se ha cuestionado la utilidad de las prohibiciones de viaje por ser limitada en casos en los que es probable que la variante ya haya llegado, especialmente si la tasa de crecimiento semanal estimada del virus es mayor a nivel local. [279] [280]
Extinción
En octubre de 2021, la Dra. Jenny Harries, directora ejecutiva de la Agencia de Salud y Seguridad del Reino Unido, afirmó que las variantes que circulaban anteriormente, como la Alfa, habían "desaparecido" y habían sido reemplazadas por la variante Delta. [281] En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud incluyó las variantes Alfa, Beta y Gamma como circulantes anteriormente, citando la falta de casos detectados en las semanas y meses anteriores. [282]
^ Escrito como VUI 202012/01 (Variante bajo investigación, año 2020, mes 12, variante 01) por GISAID [283] y el ECDC . [284]
^ La diferencia entre ambos la explica PHE:
Las variantes del SARS-CoV-2 que se consideran que tienen propiedades epidemiológicas, inmunológicas o patógenas preocupantes se examinan para su investigación formal. En ese momento se las designa como variantes bajo investigación (VUI) con un año, mes y número. Tras una evaluación de riesgos con el comité de expertos pertinente, se las puede designar como variantes preocupantes (VOC). [18]
^ El gen S del SARS-CoV-2 codifica su proteína de pico. [47]
^ Un ejemplo de esto es la prueba delta (Δ)–PCR, que en relación con el SARS-CoV-2, se ha utilizado para detectar la deleción de HV 69-70 en variantes con esta mutación [83] a través de lo que se ha denominado "falla del gen objetivo de la espiga" (SGTF) o "pérdida del gen de la espiga" [75] para el gen de la espiga (S) [c] en un subconjunto de ensayos de RT-PCR (por ejemplo, ensayo TaqPath COVID-19 RT-PCR, ThermoFisher). [84] Aunque existe en algunas otras variantes del SARS-CoV-2, [75] la deleción de HV 69-70 en la proteína de la espiga está presente en la gran mayoría de los genomas de B.1.1.7, lo que permite utilizar la prueba delta-PCR como una prueba proxy para el linaje, o como una prueba complementaria de primera detección antes de realizar la secuenciación del genoma completo . [83] [75] Otro ejemplo de una prueba RT-PCR destinada a detectar variantes específicas es la que detecta todos los genomas con la mutación N501Y (por ejemplo, variante Alfa, variante Gamma y variante Beta ), que ahora también se está utilizando como una herramienta de detección de primer paso antes de la secuenciación del genoma en varios laboratorios/países (por ejemplo, en algunas partes de Francia). [85] Una tercera y cuarta prueba RT-PCR destinadas a detectar variantes específicas preseleccionan las muestras para variantes respectivamente con las mutaciones N501Y+A570D (Alfa) y N501Y sin la mutación A570D (Beta, Gamma y otras variantes N501Y). [86]
^ 104 miembros de la OMS habían notificado la detección de la variante Alfa (linaje B.1.1.7), al 23 de marzo de 2021: Albania, Angola, Argentina, Australia, Austria, Azerbaiyán, Bahrein, Bangladesh, Barbados, Belarús, Bélgica, Belice, Bosnia y Herzegovina, Brasil, Brunei Darussalam, Bulgaria, Cabo Verde, Camboya, Canadá, Chile, China, Costa Rica, Croacia, Chipre, República Checa, República Democrática del Congo, Dinamarca, República Dominicana, Ecuador, Estonia, Finlandia, Francia, Gambia, Georgia, Alemania, Ghana, Grecia, Hungría, Islandia, India, Indonesia, Irán, Iraq, Irlanda, Israel, Italia, Jamaica, Japón, Jordania, Kenya, Kuwait, Letonia, Líbano, Libia, Lituania, Luxemburgo, Macedonia del Norte, Malasia, Malta, Mauritania, Mauricio, México, Mónaco, Montenegro, Marruecos, Nepal, Países Bajos, Nueva Zelandia, Nigeria, Noruega, Omán, Pakistán, Perú, Filipinas, Polonia, Portugal, República de Corea (Corea del Sur), República de Moldova, Rumania, Rusia, Ruanda, Santa Lucía, Arabia Saudita, Senegal, Serbia, Singapur, Eslovaquia, Eslovenia, Sudáfrica, España, Sri Lanka, Suecia, Suiza, Tailandia, Trinidad y Tobago, Túnez, Turquía, Ucrania, Emiratos Árabes Unidos, Reino Unido, Estados Unidos, Uruguay, Uzbekistán, Vietnam. [87]
90 miembros de la OMS no habían informado ninguna detección de la variante Alfa (linaje B.1.1.7), al 23 de marzo de 2021: Afganistán, Argelia, Andorra, Antigua y Barbuda, Armenia, Bahamas, Benin, Bután, Bolivia, Botswana, Burkina Faso, Burundi, Camerún, República Centroafricana, Chad, Colombia, Comoras, Congo, Islas Cook, Costa de Marfil, Cuba, República Popular Democrática de Corea (Corea del Norte), Djibouti, Dominica, Egipto, El Salvador, Guinea Ecuatorial, Eritrea, Etiopía, Fiji, Gabón, Granada, Guatemala, Guinea-Bissau, Guyana, Haití, Honduras, Guinea, Kazajstán, Kiribati, Kirguistán, Lesoto, Liberia, Madagascar, Malawi, Maldivas, Malí, Islas Marshall, Micronesia, Mongolia, Mozambique, Myanmar, Namibia, Nauru, Nicaragua, Níger, Niue, Palau, Panamá, Papúa Nueva Guinea, Paraguay, Qatar, Saint Kitts y Nevis, San Vicente y las Granadinas, Samoa, San Marino, Santo Tomé y Príncipe, Seychelles, Sierra Leona, Islas Salomón, Somalia, Sudán, Sudán del Sur, Surinam, Swazilandia, República Árabe Siria, Tayikistán, Timor-Leste, Togo, Tonga, Turkmenistán, Tuvalu, Uganda, República Unida de Tanzanía, Vanuatu, Venezuela, Yemen, Zambia, Zimbabwe. [87]
^ abcdefgh La encuesta semanal sobre infecciones en el Reino Unido incluye para cada país de Gran Bretaña un conjunto de datos brutos y datos modelados suavizados de promedios de pruebas de PCR analizadas por el SGTF recopiladas en hogares privados (excluidas las pruebas de hospitales, centros de atención e instituciones públicas). Los datos brutos, así como los datos modelo para Gales, Irlanda del Norte y Escocia, deben tratarse con cautela debido a la pequeña cantidad de muestras recopiladas, lo que genera una gran incertidumbre en los datos. [165] [166]
Todas las pruebas PCR se analizaron en busca de 3 genes presentes en el coronavirus: proteína N, proteína S y ORF1ab (consulte la Tabla 6A en la Encuesta de Infecciones). Cada prueba PCR puede detectar uno, dos o los tres genes. Los positivos para coronavirus son aquellos en los que se detecta uno o más de estos genes en el hisopo (excepto las pruebas que solo dan positivo en el gen S, que no se considera un indicador fiable del virus si se encuentra por sí solo). La nueva variante B.1.1.7 de COVID-19 tiene cambios genéticos en el gen S, lo que hace que el gen S ya no se detecte en la prueba actual, lo que significa que solo dará positivo en el ORF1ab y el gen N. La encuesta utiliza los términos "compatible con la nueva variante del Reino Unido" para los positivos en el gen de la proteína ORF1ab + N, "no compatible con la nueva variante del Reino Unido" para los positivos en el gen de la proteína ORF1ab + N + S, y "virus demasiado bajo para ser identificable" para todos los demás patrones genéticos (una definición razonable dado que todas las muestras tomadas de la primera fase de la enfermedad COVID-19 donde el virus existe en cantidad identificable, serán positivas para "ORF1ab+N" o "ORF1ab+N+S"). Sin embargo, existe una mayor incertidumbre dado que no todos los casos de SGTF "compatibles con la nueva variante del Reino Unido" (positivos en los genes ORF1ab y N, pero no en el gen S) serán la nueva variante del Reino Unido, debido a que algunas otras variantes competidoras también presentan este mismo patrón de prueba; y antes de mediados de noviembre de 2020, los datos no deben leerse como un indicador de la variante en absoluto. [165] [166]
Los datos brutos de la distribución semanal de la variante B.1.1.7 se calculan a partir de la Tabla 6A, dividiendo el porcentaje de "ORF1ab+N" por la suma porcentual de "ORF1ab+N" y "ORF1ab+N+S". La Tabla 6C utilizó los datos brutos de la Tabla 6A como entrada para el cálculo de algunas cifras estimadas diarias modeladas (promedio suavizado y ponderado) para el porcentaje respectivo de la población que es positiva al coronavirus ya sea por el "virus compatible con la nueva variante del Reino Unido" , o un "virus no compatible con la nueva variante del Reino Unido" o un "virus demasiado bajo para ser identificable" , con datos de fechas anteriores en 2020 también disponibles al descargar las ediciones anteriores publicadas de la Encuesta de Infección. El valor promedio semanal modelado para la variante Alfa, indicado en esta tabla como el valor (m: %), se calcula como el promedio para los siete días enumerados en cada semana de "porcentaje compatible con la nueva variante del Reino Unido" dividido por la suma de "porcentaje compatible con la nueva variante del Reino Unido" y "porcentaje no compatible con la nueva variante del Reino Unido" . [165] [166]
^ abcdefghij En Austria , las proporciones de la variante B.1.1.7 que figuran en la lista representan el porcentaje de todas las pruebas positivas de COVID-19 que se confirmaron como B.1.1.7 mediante la secuenciación del genoma. Sin embargo, muchas pruebas RT-PCR positivas para N501Y no se determinaron con más detalle mediante la secuenciación del genoma, y probablemente habrían arrojado un resultado positivo para B.1.1.7 en la gran mayoría de dichas pruebas si se hubiera realizado el análisis de secuenciación del genoma. Si todas las pruebas positivas de N501Y se hubieran analizado más a fondo mediante secuenciación genómica, las proporciones semanales de B.1.1.7 enumeradas podrían haber sido hasta: 9,6% para la semana 1 (2,4% más alto) , 23,8% para la semana 2 (6,4% más alto) , 19,6% para la semana 3 (4,9% más alto) , 28,6% para la semana 4 (6,1% más alto) , 37,2% para la semana 5 (8,5% más alto) , 45,4% para la semana 6 ( 21,4% más alto) , 58,1% para la semana 7 (23,0% más alto) , 65,3% para la semana 8 (4,0% más alto) , 68,0% para la semana 9 (6,8% más alto) y 73,7% para la semana 10 (25,4% más alto) . [126]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 11% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 4 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 10,8% (243/2244). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skane , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales planean ampliar el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas de febrero de 2021. [174] [133]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 16% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 5 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 15,1% (488/3224). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skane , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales también calcularon un promedio de dos semanas (semana 5+6) para 19 de las 21 regiones, y planean expandir el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas en febrero de 2021. [133]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 18% de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 6 encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 27,3% (1021/3742). Sin embargo, solo se recogieron muestras de cinco regiones del sur ( Skane , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ), que no se consideraron estadísticamente representativas de la demografía y la geografía de Suecia en su conjunto. Las autoridades nacionales también calcularon un promedio de dos semanas (semana 5+6) para 19 de las 21 regiones, y planean expandir el estudio semanal para cubrir más regiones durante las siguientes semanas en febrero de 2021. [133]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 47,8 % de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 7, recolectó muestras de 19 de 21 regiones (todas excepto Gotland y Västerbotten ), y encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 30,4 % (3316/10910) como un promedio general simple (con una posible representación errónea geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la proporción de cada región de la muestra general). [86]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 42,2 % de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 8, recopiló muestras de 19 de 21 regiones (todas excepto Gotland y Västerbotten ) y encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 41,5 % (4643/11191) como un promedio general simple (con una posible representación errónea geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la proporción de cada región de la muestra general). [86]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 37,8 % de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 9, recolectó muestras de 17 de 21 regiones (todas excepto Gotland , Västerbotten , Norrbotten y Östergötland ) y encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 56,4 % (5939/10528) como un promedio general simple (con una posible representación errónea geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la proporción de cada región de la muestra general). [86]
^ En Suecia, un estudio que comprendió el 43,1 % de todas las muestras de PCR positivas para SARS-CoV-2 a nivel nacional para la semana 10, recolectó muestras de 18 de 21 regiones (todas excepto Gotland , Västerbotten y Östergötland ) y encontró que la proporción de B.1.1.7 era del 71,3 % (8850/12417) como un promedio general simple (con una posible representación errónea geográficamente sesgada en el cálculo, ya que no se utilizaron ponderaciones de datos para normalizar/corregir la proporción de cada región de la muestra general). [86]
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Enlaces externos
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Linajes de PANGO: Informe de nueva variante - Informe sobre la distribución global del linaje B.1.1.7
Base de datos de secuenciación GISAID: seguimiento de variantes de COVID-19
![Mutaciones de aminoácidos de la variante alfa del SARS-CoV-2 representadas en un mapa del genoma del SARS-CoV-2 con especial atención a la proteína Spike.[21]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/7f/SARS-CoV-2_Alpha_variant.svg/1280px-SARS-CoV-2_Alpha_variant.svg.png)
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