La consulta realizada entre los militantes para la adhesión al Komintern se saldó con un 90% a favor de dicha unión, pero la dirección ocultó los resultados.Esta situación fue vista con desagrado por la Internacional Comunista y por el propio Lenin, que requirió fusionarse a ambos partidos, lo cual se ejecutó oficialmente en una Asamblea General celebrada en Woodstock (Nueva York) en mayo de 1921.Sólo un 10% de los miembros del recién creado Partido hablaban inglés como lengua nativa (lo cual muestra que la mayoría de afiliados eran inmigrantes europeos) y en gran medida habían sido integrantes del sindicato Industrial Workers of the World (IWW).El CPUSA se vio abocado a la clandestinidad y cambió varias veces de nombre para evitar las detenciones.En primer lugar estaba la facción agrupada alrededor del miembro de la dirección federal Charles Ruthenberg, organizado por su lugarteniente Jay Lovestone.Ruthenberg murió en 1927 y Jay Lovestone le sucedió en el cargo de Secretario General del CPUSA.Esta conducta causó que se multiplicaran los pactos del CPUSA con pequeños grupos sindicales.[7] En esta época, el CPUSA gana suficiente fuerza en militantes y simpatizantes como para influir ampliamente en los sindicatos más fuertes del país.Izquierdistas de todo el mundo se unieron para defender a la República, aportando fondos para la asistencia médica y en muchos casos enrolándose como voluntarios en la Brigadas Internacionales.Inclusive veteranos de la Brigada Lincoln fueron autorizados a ello y agentes gubernamentales propusieron utilizar estos veteranos para tareas de infiltración en Europa, pero la Komintern requirió que los comunistas estadounidenses evitaran esto por temor a que el FBI se infiltrase en sus filas.Al terminar la guerra en 1945 e iniciarse la Guerra Fría contra la URSS, terminó la "tregua" del Gobierno estadounidense hacia el CPUSA y se despertó una psicosis anticomunista debido al descubrimiento de supuestas "redes de espionaje" soviéticas.Tales temores fueron destacados de forma especial por parte del senador republicano Joseph McCarthy.Resultaba muy difícil para la acusación probar que los 12 encausados hubiesen violado la Alien Registrattion Act, dado que ninguno de ellos había preconizado nunca abiertamente la violencia ni se había implicado en el acaparamiento de armas con fines revolucionarios.El proceso duró once meses y al final el juez federal Harold Medina, del que se dice que era incapaz de ocultar su animadversión hacia los acusados, encarceló incluso a los abogados defensores también por desacato al tribunal.Mientras los sectores críticos que propugnaban la liberalización del CPUSA eran excluidos, en 1961 otros sectores se mostraron favorables a regresar a la estrategia estalinista, yendo en un sentido totalmente contrario al de los otros partidos comunistas en países occidentales (como el Partido Comunista Italiano, el Partido Comunista Francés o el Partido Comunista de España en Europa) que abjuraban de Stalin y se acercaban a la socialdemocracia en muchos puntos de su programa.Desde ese momento, el CPUSA pide a sus militantes apoyar al Partido Demócrata en todos los comicios a escala nacional, aunque el pequeño tamaño del CPUSA tornaba irrelevante dicho apoyo.Estuvo frecuentemente infiltrado por agentes federales y por ello, tras el final del macarthismo, la inscripción y las actividades del CPUSA se mantuvieron en secreto, con solo algunos pocos miembros oficialmente activos, pues los líderes relacionados con el CPUSA en todos los Estados Unidos eran en realidad muchos más de los que se daban a conocer públicamente.La dependencia económica del CPUSA con respecto al PCUS impidió que progresaran en él tendencias revisionistas como las que se desarrollaron en los partidos comunistas de Europa Occidental, en donde se desarrolló el llamado eurocomunismo.Tras la XXX Convención Nacional del CPUSA, celebrada en junio de 2014, le sucedió en el cargo John Bachtell.Posteriormente se transformó el cargo en una Copresidencia, que asumieron Rosanna Cambron y Joe Sims.
El disidente comunista John Gates.
Gus Hall
fue presidente del CPUSA desde 1959 hasta su muerte en el año 2000.
