Desde este puesto ordena ocupar Roma en 1798 y comienza a organizar la nueva República Romana en los territorios de los antiguos Estados Pontificios.Dejando al general Kléber al mando del Ejército de Egipto, el futuro emperador informa a Berthier, Murat y Desaix de sus planes y todos ellos burlan el bloqueo inglés llegando a costas francesas a bordo de la fragata Muiron.Desde dicho puesto participa en la decisiva y victoriosa batalla de Marengo, donde será herido.Tras el fin de la guerra Napoleón otorgó a su lugarteniente nuevas responsabilidades civiles y diplomáticas.Estuvo a punto de morir en la batalla de Wagram cuando la metralla disparada por un cañón mató a su caballo y lo derribó, pero salió ileso, exigió otra montura y continuó con sus funciones durante el combate.Quebrado el Imperio, austriacos, prusianos y rusos lanzan la invasión de Francia.Ayudado por Berthier, Napoleón reorganiza sus tropas y les sale al paso, derrotándoles en la Campaña de los Seis Días.Pese a estos triunfos, la traición del mariscal Auguste Marmont y la débil actuación de José Bonaparte, quien rinde París, prácticamente culminan la derrota francesa.Como consecuencia, varios mariscales de Napoleón se reúnen en Fontainebleau y redactan un texto en el que exigen su abdicación.Sin embargo, al producirse la Restauración de 1814, Berthier es llamado por Luis XVIII, con quien se reconcilia en Compiègne.Cuando finalmente Napoleón desembarca en suelo francés Berthier no acude a recibirle.Los historiadores manejan dos hipótesis: Berthier podría haberse quitado la vida en pleno ataque depresivo, o bien se habría suicidado para evitar su captura por parte de los monárquicos y sus aliados extranjeros, que pretendían utilizarlo como medio para chantajear a Napoleón.Todos se han ido, y yo tengo que seguir solo...» A la hora de hacer una valoración histórica de su carrera lo justo es decir que Berthier era un militar muy competente, pero no un brillante estratega.Aunque Berthier existió a la sombra de su maestro, el propio Napoleón reconocía que solo Berthier lograba entender sus deseos al pie de la letra y cumplirlos hasta el más mínimo detalle.
