Los elementos del CFE reciben entrenamiento riguroso en combate urbano, guerra de guerrillas, operaciones anfibias, paracaidismo y manejo de inteligencia, lo que les permite operar en diversos entornos geográficos y situaciones extremas.Desde 2006, con el inicio de la guerra contra el narcotráfico, han sido fundamentales en operaciones para neutralizar a líderes como Joaquín "El Chapo" Guzmán y "El Mencho".Los regulares usualmente operan como infantería ligera, mientras que los intermedios y veteranos son instructores en rangos medios, principalmente como tenientes o capitanes, también conocidos como "COIFES", que quiere decir "curso de oficiales instructores de fuerzas especiales".Varias unidades fueron enviadas para combatir el levantamiento del EZLN en Chiapas, en la denomina Operación Arcoíris.En 1995 se inicia el proyecto de dotar a las regiones con su respectivo batallón.En 1996 concluyó la dotación de GAFES en las 12 Regiones (las dos últimas fueron la XI y la XII).Para apoyar la consolidación de los GAFES, fueron creadas dos escuelas de fuerzas especiales, y en su adiestramiento quedó en evidencia la relevancia que tiene para el ejército esta nueva concepción, y esta nueva estructura organizacional.Esta reorganización se debía ante la reducción vista de 2006, donde había 5,106 efectivos del personal militar de Fuerzas Especiales, mientras que para el 2013 se había reducido a 3,380 elementos.Los Zetas revolucionaron el crimen organizado al introducir tácticas paramilitares y diversificar sus actividades criminales más allá del narcotráfico, generando altos niveles de violencia en regiones clave del país.Desde su creación, el grupo ha recibido entrenamiento de diversas fuerzas especiales internacionales.Para ahorrar costos, utiliza la misma munición que la tropa, el 5,56 x 45mm OTAN, pero por su funcionamiento y longitud es considerado subfusil.