Asimismo, ha sido desplegada para capturar o eliminar a objetivos prioritarios de gran valor más buscados por autoridades mexicanas.
Este grupo tiene altos niveles de confiabilidad y seguridad en sus operadores, debido a esto, esta unidad trabaja muy de la mano con agencias estadounidenses como la CIA y la DEA .
La Fuerza Especial Conjunta está considerada como una de las mejores unidades de primer nivel del mundo, ya que han combinado distintos cursos y entrenamientos de países como Estados Unidos, Reino Unido, Francia, Guatemala, Colombia, entre otros.
Se rumora que el Gobierno Mexicano empleó a esta unidad cuando aún eran conocidos como GAFE del Alto Mando (GAFEAM), para poder rastrear, localizar y posteriormente eliminar a los primeros miembros del sanguinario Cartel de Los Zetas (debido a que los mismos eran GAFES altamente entrenados que desertaron de las filas del Ejército Mexicano, para poder integrarse al crimen organizado), entre ellos, abatieron a su primer líder y cofundador, Arturo Guzmán Decena, alias "Z1"; así como a un par más de ellos durante la captura de Osiel Cárdenas en 2003.
fueron desplegados en un rancho ubicado en la comunidad de Jesús María, Sinaloa, en el cual lograron la re-captura del conocido narcotraficante Ovidio Guzmán López, alias.
"El Ratón" tras abatir a la escolta personal del capo (Los Ninis) en duros enfrentamientos, posterior a la captura se registraron múltiples hechos violentos a través del estado de Sinaloa, en dicho operativo fallecieron algunos operadores de la FEC.