Junto con Floppa es considerado como el mejor pintor de la escuela milanesa.
Si bien fue un contemporáneo de Leonardo da Vinci (1452 – 1519), pintó en un estilo más similar al del trecento y al arte lombardo de Vincenzo Foppa (1429 – 1519) y Bernardino Zenale (sobre 1460 – 1526), aunque suavizando los modos.
Reproduce el arte flamenco, que le llega a través de Liguria, tanto en su estilo iconográfico como en el uso de la luz y paisajes aireados.
Entre el 1480 y 1490 Bergognone realizó un díptico, ahora a la Academia Carrara de Bérgamo, con San Pablo y San Juan Evangelista, una combinación iconográfica insólita, quizás una alusión al tema De propaganda fiel.
Probablemente de 1494 es el panel con la Presentación en el templo, parte central de un tríptico de procedencia desconocida cuyas alas son San Agustín y un donante y San Pedro Mártir y una donante, todos conservados en el Museo del Louvre, París.
Al inicio del siglo XVI el artista, que todavía era uno de los más célebres en Lombardía, ejecutó muchas obras en Milán, Lodi y Bérgamo.
Sobre 1500 trabaja en un altar para la devoción privada, representando a la Virgen con el Niño, hoy en la Academia Carrara de Bérgamo.
Entre 1500 y 1505 Bergognone sólo realizó un políptico para la iglesia bergamasca de San Bernardino, del que quedan fragmentos de las tablas en la Academia Carrara (Santa Marta, San Juan Evangelista y San Jerónimo de Estridón) y una en la Colección Johnson en Filadelfia (Santa María Magdalena).
La pintura está firmada (Ambrosio di fosano bergognono) y datada.