Su galería fue fundada en tiempos del conde Giacomo Carrara, mecenas y coleccionista, quien dejó una generoso legado a la ciudad de Bérgamo a finales del siglo XVIII.
El museo ha seguido aumentando su colección mediante adquisiciones y gracias a donaciones.
En 2006, posee 1800 pinturas realizadas entre los siglos XV y XIX, por artistas tales como Pisanello, Botticelli (como las Historias de Virginia), Bellini, Mantegna, Rafael (San Sebastián), Moroni, Baschenis, Fra Galgario, Tiepolo, Canaletto y Piccio.
La escuela funcionó hasta 1912 en los locales del museo, para luego ser ubicada en su propio inmueble en las cercanías.
En 1991, se incluyó el nuevo Museo de Arte Moderno y Contemporáneo (Galleria d’Arte Moderna e Contemporanea o GAMEC), ubicada en el edificio frente al inmueble neoclásico que contiene el museo de arte.