Cuando Renault decidió no participar en la Fórmula 1 para la temporada 1987, Ligier era una escudería sin ningún proveedor de motor competitivo.
La automotriz francesa ya había decidido volver como proveedor de motores en 1989 para el equipo Williams.
En los últimos años Ligier tenía poco apoyo público y carecía de reservas, pero debido a las mejoras aerodinámicas ideadas por Frank Dernie, la escudería aún consiguió algunos buenos resultados.
En 1996 el Ligier JS43-Mugen-Honda con Olivier Panis al volante consiguió la victoria en el Gran Premio de Mónaco en una carrera en que solo acabaron cuatro coches.
El propietario Guy Ligier vendió el equipo a Alain Prost, que formó su propio equipo Prost Grand Prix, pero a pesar del respaldo financiero de compañías francesas el equipo solo fue competitivo en 1997 cuando aún contaba con los motores Mugen-Honda y desapareció luego de 2001, cuando Alain Prost no pudo reunir patrocinadores que aportaran el presupuesto necesario para poder estar en la parrilla en 2002.