Trabajó como director de animación en Ana de lasTejas Verdes, Sherlock Hound, Majo no Takkyūbin, Recuerdos del ayer y La princesa Mononoke.
Kondō dirigió la película animada Susurros del corazón, y se esperaba que se convirtiera en uno de los mejores directores de Studio Ghibli, junto a Hayao Miyazaki y Isao Takahata, y convertirse en su eventual sucesor.
Su muerte parece ser la razón principal para que Hayao Miyazaki anunciase su jubilación en 1998, a pesar de que Miyazaki regresase más tarde a Studio Ghibli.
En 1995 hace su debut de director con la película Susurros del corazón.
Los médicos dijeron que el aneurisma había sido provocado por exceso de trabajo.