Ambientada en un Japón del período Muromachi, se centra en la lucha entre los guardianes sobrenaturales de un bosque y los humanos que profanan sus recursos, visto por el forastero Ashitaka.

no es un nombre, sino una descripción que puede ser traducida en este contexto como «espíritu vengador»; por lo que el título de la película literalmente podría traducirse como La princesa de los espíritus vengadores.

El último príncipe emishi, Ashitaka, salva a su aldea del ataque de un Tatarigami, un demonio que destruye todo lo viviente con tan solo tocarlo.

Usando su arco, Ashitaka le da muerte, siendo herido por este, dejando una oscura marca en su brazo.

Ashitaka consulta a los ancianos de la aldea, temiendo por su vida al sospechar que la herida dejada por el demonio en su mano le haya transmitido su maldición.

Cuando esto ocurre, su brazo se llena de gusanos negros retorciéndose, similares a los que tenía Nago.

También le advierte que durante su viaje deberá «ver con ojos carentes de odio».

Ashitaka monta a Yakul, su leal alce rojo y se dispone a partir sin mirar atrás, ya que está mal visto en la aldea despedirse de alguien que parte al exilio.

En su viaje hacia el oeste, Ashitaka ve cómo unos samuráis saquean un poblado indefenso.

Ante tal injusticia, intenta distraerlos usando su arco, pero en ese momento se activa la maldición y le otorga a la flecha un poder sobrenatural.

Tras esto, Ashitaka descubre que cuando la maldición aflora, la marca se extiende con mayor velocidad.

En la siguiente aldea se encuentra con un extraño monje, Jigo, quien fue salvado por Ashitaka durante el ataque anterior.

El muchacho descubre a la manada, donde ve a la princesa Mononoke intentando aliviar la herida de Moro e intenta hablar con ella, pero después de observarle se marchan sin contestarle.

Algunos kodamas, o espíritus del bosque, aparecen y Ashitaka les pide ayuda.

Los dioses y animales, furiosos por la destrucción de su hábitat, han emprendido una guerra contra los humanos.

Así, en una batalla entre el clan de los jabalíes y los humanos, Eboshi hirió con su arcabuz a Nago, originando dicha maldición.

Más tarde, se da cuenta de que Eboshi ha creado en la ciudad de hierro una comunidad donde grupos socialmente repudiados, como los leprosos o las prostitutas, son tratados con dignidad, situación que solo podrá mantenerse si se continúa con la extracción del metal.

Por un lado, está furiosa porque Ashitaka interrumpió su ataque a Eboshi, pero por otro está confusa porque él no parecía estar del lado de Eboshi y le extraña ver a un humano ayudarle.

Finalmente al amanecer, el espíritu del bosque se transforma y aparece ante la solicitud de San.

Intenta ser mediador en el conflicto y encontrar una solución que satisfaga a ambos bandos, pero tanto Eboshi como San están cegadas por el odio y finalmente no consigue evitar que comience la guerra.

Durante su búsqueda, se encuentra con Lady Eboshi y le avisa que el samurái Asano está atacando la ciudad del hierro.

Aun así la mujer le dispara mientras este se dirige hacia el Jabalí, aunque esto no lo mata y sigue hasta aliviar al anciano jabalí quitándole la vida y la maldición, mientras Moro se desmaya nuevamente.

[8]​ Sin embargo, tuvo dificultades para adaptar sus ideas y visualizaciones iniciales, debido a que varios elementos ya habían sido utilizados en Mi vecino Totoro, así como también a los cambios sociales ocurridos desde la creación de los primeros bocetos y guiones.

Este suceso le llevaría a aceptar crear el video promocional para la canción On Your Mark del dúo musical Chage y Aska.

[12]​ Inspirado por el director irlandés-estadounidense John Ford, quien es conocido por sus películas del medio oeste, Miyazaki creó la ciudad de hierro como una «ciudad de gente muy unida» y la pobló con «personajes de grupos marginados y minorías oprimidas que rara vez aparecen en películas japonesas», siendo también personajes «anhelantes, ambiciosos y fuertes».

[13]​ Miyazaki ha dicho que no quería crear una historia precisa acerca del Japón medieval, sino que en su lugar quería «retratar los comienzos del conflicto aparentemente insoluble entre el mundo natural y la civilización industrial moderna».

[16]​[17]​ Sus escenas fueron mayormente dibujadas a mano, pero también incorpora animación hecha por computadora durante unos pocos minutos del metraje.