Está cubierta por un denso bosque, compuesto sobre todo por Cryptomeria japonica, árbol conocido como Sugi en Japón, llamado erróneamente "cedro japonés" por traducción directa del inglés.

Se menciona por primera vez en documentos escritos de la dinastía Sui china del siglo VI, y en el Shoku Nihongi japonés en un texto fechado en 702.

Durante el período Edo, Yakushima fue gobernado por el clan Shimazu del dominio Satsuma y se lo consideró parte de la provincia de Umisumi.

Los lanzamientos periódicos de cohetes desde Tanegashima se pueden ver claramente desde Yakushima.

El tanuki o perro mapache también es común, pero no nativo de la isla.

Hay periodos secos en otoño e invierno, mientras que los aguaceros más intensos tiene lugar en primavera y verano, acompañados con frecuencia de deslizamientos de tierra.

[3]​ El aeropuerto de Yakushima que presta servicio aéreo a toda la isla.