Este nombre indica “Atalaya”, expresión militar antigua que significa "torre alta" para vigilar hacia el exterior de una fortaleza.
Vigía del Fuerte tiene bajo su jurisdicción los siguientes corregimientos (de acuerdo a la Gerencia departamental):[3] Quedan varios resguardos indígenas en el municipio: Ríos Apartadó y Jengadó, Río Jarapetó, El Salado y Guaguandó En 1711, fugitivos de Quibdó, Lloró, Bebará, Todó y otros pueblos chocoanos fundaron a Vigía del Fuerte con el nombre de Murrí.
Posteriormente se convirtió en un fortín patriota, y fue entonces cuando tomó el nombre de Vigía del Fuerte.
En 1850 el General José Hilario López le entregó de nuevo al Chocó la zona de Urabá y esta situación duró hasta 1900, cuando definitivamente se le devolvió Urabá a Antioquia.
A comienzos del siglo XX se impuso en la zona la explotación de Caucho, Raicilla y Tagua.