Hacia 1793, estudió teología, filosofía y la lengua maya primero en el Convento Grande de San Francisco y después en el Seminario Conciliar de San Ildefonso.Los ilustrados comenzaron a formar grupos secretamente donde discutían sobre política, las ciencias naturales, la filosofía.Esto propiciaba que las relaciones económicas se orientaran vía marítima hacia Veracruz y el Caribe.Desde muy joven reparó en la vida tan injusta y dura que los indios mayas sufrían.También debían pagar impuestos a los sacerdotes por instrucción religiosa y los sacramentos que recibieran.Entre ellos estaban Manuel Jiménez Solís; Francisco Carvajal, (padre de Francisco Sebastián Carvajal y Gual, quien fuera presidente de México); Rafael Aguayo y Mariano Gutiérrez.Sin embargo, no todos los sanjuanistas estaban de acuerdo con Velásquez, quien pensaba que cualquier mejora social debía empezar con los indígenas.Los Sanjuanistas querían una reforma en la educación y que también se extendiera en la población indígena.Lucharon contra la escolástica medieval que se enseñó durante el periodo colonial.De esas aulas salieron quienes propugnaron los cambios más revolucionarios en Yucatán a principios del siglo XIX.Al cura Vicente María Velásquez se le prohibió celebrar la misa.Pero los siguientes meses, los Sanjuanistas siguieron presionando, hasta que el Capitán proclamó la constitución.
