[4]​ Se inició en la política en sus juntas con los Sanjuanistas y en la llamada Confederación Patriótica, movimientos conspiratorios en el Yucatán decimonónico que buscaban independizarse del imperio español.

En 1824 fue integrado al Congreso Constituyente, siendo posteriormente presidente del mismo.

Después fue propuesto para la vicepresidencia de la República, pero se eligió a Anastasio Bustamante.

Se desconocen las razones por las que decidió apoyar el movimiento separatista tejano, aunque algunos historiadores han argumentado el hecho de que fue guiado por su fanatismo y adicción a la llamada causa "liberal" y al federalismo lo que le llevó por este camino.

Zavala fue despojado de la nacionalidad mexicana al aceptar el cargo.

Escribió, entre otras obras, el texto Ensayo histórico de las revoluciones de México, en el que abarca el devenir histórico desde 1808 hasta 1830, en el que desarrolla ideas parecidas a las del filósofo francés Volney en cuanto a la concepción de la historia.

[10]​ Mientras navegaba el río Buffalo Bayou, su bote de remos volcó.