Portugal, tradicional aliada de Inglaterra, se niega a acatarlo y Napoleón decide su invasión.
Conforme al tratado, una vez invadido, Portugal sería dividido en tres partes.
En cuanto a las colonias, su división entre Francia y España se dejaba para un acuerdo posterior.
La presencia de tropas francesas en España, sin embargo, siguió aumentando y el pueblo comenzó a observarlas como algo amenazante, pues en lugar de continuar transitando hacia Portugal fueron ocupando, sin ningún respaldo del Tratado, diversas localidades como Burgos, Salamanca, Pamplona, San Sebastián, Barcelona o Figueras.
Para entonces ya se había producido en Madrid el Levantamiento del 2 de mayo contra la ocupación francesa del país, dando comienzo a lo que posteriormente se conocería como Guerra de la Independencia.