El problema más álgido era con Chile, por la llamada cuestión de Tacna y Arica, sobre la cual la cancillería peruana volcaba entonces sus mayores esfuerzos.

[1]​ El Perú vivió entonces profunda y constante intranquilidad, pero al final lograría delimitar pacíficamente sus fronteras.

En teoría, al Perú le pertenecían inmensos territorios colindantes con el Brasil, ilusión basada en los viejos mapas coloniales del siglo XVIII nacidos del Tratado de San Ildefonso, aunque en la práctica los brasileños iban avanzando sobre la Amazonía y ejercían su dominio de facto en ella.

Esto implicaba de por sí un casus belli, pero el gobierno peruano optó por la solución diplomática.

Según dicho Tratado los límites entre el Perú y el Brasil al Sur del Yavarí quedaron fijados así: Posteriormente ambos países suscribieron en Petrópolis (7 de diciembre de 1909) otro tratado que puso fin a las diferencias limítrofes.

En el Perú, como ha sido una constante en lo que respecta a los tratados de límites firmados con los países vecinos, este Tratado ha sido muy criticado, aduciéndose que el gobierno peruano cedió al Brasil extensas zonas en la cuenca del Yurúa y del Purús.

[5]​ Otra ventaja del tratado fue que consagró la libre navegación de los ríos amazónicos.