[18]​ Una vez consolidada la independencia, ambas repúblicas empezaron a disputarse la posesión de Jaén y Maynas.

A principios del siglo XX, mientras Colombia sufría la Guerra de los Mil Días, la explotación del caucho se encontraba en pleno auge y algunas empresas como la Casa Arana, iniciada en 1901 bajo el mando del comerciante cauchero peruano Julio César Arana, era poseedora de amplios territorios caucheros desde el Amazonas hasta el actual territorio colombiano.

[26]​ No obstante, la prensa mundial publicó los crímenes contra los indígenas, cometidos en esa zona tanto por peruanos como por colombianos.

[28]​ El escritor colombiano José Eustasio Rivera en su libro La Vorágine describió los crímenes y aberraciones ocurridas en la Casa Arana.

La Cancillería colombiana no aprobó estos pactos y adujo que Tanco Argáez carecía de instrucciones.

Estableció comisaría y aduanas en el Putumayo y en el Caquetá, a la vez que concedió tierras en la zona de este último río, con daño para los intereses de la Casa Arana.

[33]​ En esta ocasión, ambos países acordaron que su límite provisional sería el río Putumayo.

Pero, hasta octubre de 1907, cuatro legislaturas, entre ordinarias y extraordinarias, pasaron sin que aquellos pactos fueran sometidos al voto parlamentario.

Según una autorizada versión oral, la casa Arana continuó haciendo contra ellos enérgica oposición y amenazó al gobierno peruano con un movimiento subversivo.

Por esta razón, ambos gobiernos retiraron de esa zona sus respectivas guarniciones militares, así como todas las autoridades civiles y aduaneras.

Debido a la falta de recursos surgieron varios problemas durante el viaje y la tropa se demoró más tiempo del previsto.

Las versiones de Colombia y Perú sobre quién inició las hostilidades solo coinciden en las fechas en que tuvieron lugar los encuentros.

[4]​ El teniente coronel Óscar Raimundo Benavides, quien estaba a cargo de las tropas peruanas, le envió un comunicado con el subteniente Alberto Bergerie, pidiéndole abandonar la parte derecha del río Caquetá:

Creo que solo un error involuntario haya podido dar lugar a que usted y sus tropas ocupen la margen derecha del río Caquetá y no la izquierda (sic), pues los derechos de mi patria sobre la primera, por no ser posible ni siquiera discutirlos han sido siempre y son reconocidos por las demás naciones.

Agregó que en ese lugar estaba ubicada la aduana colombiana y que solo obedecían órdenes del gobierno colombiano: Doy a usted contestación de su atento oficio, en que me intima la desocupación inmediata de la margen derecha del Caquetá, señalándome el término de dos horas para verificarla.

Espero reciprocidad a las consideraciones que deben guardarse al comisionado, quien me traerá su última determinación.

Dios guarde a usted, Para el teniente coronel Benavides la respuesta del General Gamboa significaba que las acciones de tipo psicológico que había desarrollado no habían sido eficaces del todo, pues los colombianos no solo no se rendían sino que se mostraban desafiantes, aunque no descartó que fuera una maniobra para dar paso a una resistencia simbólica y muy breve, luego de la cual el combate pudiera finalizar con honor por parte de los colombianos sin mayores daños para los dos bandos.

Esta estrategia funcionó los dos primeros días del enfrentamiento, logrando mantener a su batallón indemne, no obstante, era consciente y realista de la situación.

Dichas tropas, después de haber sido avisadas por los canales establecidos para estos casos, se negaron a abandonar pacíficamente el sector ocupado, pensando quizás que aquella posesión transitoria iba a tornarse definitiva.

Las informaciones coincidían en expresar que en dicho sitio se encontraba el General colombiano José Isaías Gamboa, con su tropa.

Tras llegar al objetivo por conquistar, previo ultimátum del jefe de las operaciones militares peruano, se inició el ataque desde las embarcaciones, teniendo a la cañonera América como nave insignia cuyo Comandante era el Teniente Primero Manuel Clavero.

Colombia adquirió una salida al Amazonas y Perú se hizo acreedor de una frontera hacia la margen derecha del río Putumayo.

En Colombia, el Tratado fue aprobado en 1925, pero en Perú hubo una serie de controversias y sólo se ratificó hasta 1928.