Al principio fue respetado como Sapa Inca y Diego de Almagro en particular tuvo relaciones amistosas con él.

Con el paso del tiempo, sin embargo, fue tratado cada vez con más falta de respeto, especialmente por los españoles recién llegados que no habían estado involucrados en la distribución del botín y que ahora le exigían oro a él, así como a otros nobles incas.

Hernando Pizarro, que regresó de España en enero, puso fin a la humillación hacia el Inca y lo dejó en libertad, pero ya era demasiado tarde para una reconciliación.

[4]​ Vila Oma, cuyo verdadero origen es desconocido, actuó como su brazo derecho, alentando y reuniendo gente para la rebelión.

Este ataque fue un fracaso debido a que los españoles subestimaron gravemente el tamaño del ejército de Manco Inca.

Durante el ataque, Juan Pizarro fue alcanzado por una piedra en la cabeza y murió varios días después debido a sus heridas.

Al día siguiente, las fuerzas españolas y sus aliados indígenas rechazaron varios contraataques incas e intentaron un nuevo asalto nocturno con escalas.

Pero Cahuide cuando fue evidente que los españoles iban a conquistar la torre se lanzó al vacío envolviéndose en su manto.

El propósito de Manco Inca, era reanudar la campaña en tiempos mejores, aunque tuviera que combatir en dos frentes: los españoles y los huancas.

El inca rebelde se refugió entonces en Vilcabamba, donde sería asesinado en 1542 por unos fugitivos almagristas a los que dio asilo.