En sus inicios protagonizó la serie Even Stevens para el canal Disney Channel y la película Holes (2003).Durante un breve período de tiempo tuvo papeles secundarios en Charlie's Angels: Full Throttle (2003), I, robot (2004) o Constantine (2005).[12][20] Shia asistió a la 32nd Street Visual and Performing Arts Magnet School (LAUSD)[8] y a la Alexander Hamilton High School, ambas en Los Ángeles, aunque recibió la mayor parte de su educación de profesores particulares.[3][8][12] Fue aceptado en la Universidad de Yale, pero declinó, más tarde, comentó que está "recibiendo el tipo de educación que no consigues en la escuela",[21] aunque le gustaría asistir a la universidad.[28] En diciembre de 2020, fue demandado por FKA Twigs, con quien tuvo una relación durante 2018 a 2019 por agresión sexual, maltrato físico y psicológico.Esa audiencia se relacionó con una cita por fumar en un lugar prohibido en Burbank, California, en febrero del mismo año.Debido a los daños en el accidente, la camioneta de Shia fue considerada siniestro total; su padre la conserva como recuerdo.En septiembre del mismo año describió el accidente como "revelador y aterrorizante".En mayo del 2010 dijo que había recobrado el movimiento total de sus dedos.Este y el otro cliente (el cual no se dio a conocer su nombre), fueron esposados e interrogados por un oficial del Departamento de Policía de Los Ángeles, más tarde fueron liberados.[30] LaBeouf retiraría luego la película y afirmaría que no tenía la intención de copiar a Clowes, sino que estaba "inspirado" por él y se "perdió en el proceso creativo".[31] Continuó con varias disculpas vía Twitter, escribiendo: "En mi entusiasmo e ingenuidad como cineasta amateur, me perdí en el proceso creativo y no cumplí con las acreditaciones apropiadas" y: "Me arrepiento profundamente de la manera en que estos eventos se desarrollaron y quiero que @danielclowes sepa que tengo un gran respeto por su trabajo".Clowes respondió diciendo: "La primera vez que oí de la película fue esta mañana cuando alguien me mandó un enlace.Nunca he hablado o visto al Sr. LaBeouf (...) Realmente no puedo imaginarme qué se le pasó por la mente".[37] En una entrevista para Vulture en 2015, Clowes declaró: "Odio la idea de alguien haciéndole eso a algún artista joven que no pudiese contratar representantes legales.La canción puede ser comprada en Bandcamp y es parte de un disco titulado "Not a Trampoline" ("No es una cama elástica").El video muestra a Shia LaBeouf frente a una pantalla verde dando un discurso motivacional diciendo repetidamente la frase "Just do it" (Solo hazlo) en un tono de voz imponente y fuerte.Durante el video también explica distintos argumentos motivacionales útiles para cualquier situación, con frases cortas como "Yesterday, you said tomorrow" (ayer, dijiste que mañana) y "Don't let your dreams be dreams" (No dejes que tus sueños sean sueños) con la intención de motivar al espectador.LaBeouf dijo que se hizo actor porque su familia estaba en "bancarrota" y no porque intentara perseguir una carrera de actuación.Ese mismo año, apareció con gran peso en el show documental de HBO, Project Greenlight, en el cual realizó la crónica de la fabricación del filme independiente The Battle of Shaker Heights.[3] En 2006, coprotagonizó, la película dramática Bobby, que fue un llamado para realizar su primera escena desnudo cuando se quitó la ropa en un viaje psicodélico de LSD.Personificó a un adolescente bajo arresto domiciliario quien sospecha que su vecino, interpretado por David Morse, es un asesino en serie.Shia recibió críticas positivas por el papel, en The Buffalo News, indicando que este "se ha convertido en un actor joven atractivo y brillante quien es capaz simultáneamente de llevar a cabo el coraje, remordimiento e inteligencia [del personaje]",[42] Kurt Loder de MTV escribe que Shia "consigue su boleto al estrellato perforado decisivamente",[43] y el San Francisco Chronicle apunta que está "rápidamente volviéndose el mejor actor joven de Hollywood".[3] Shia expreso que desearía posteriormente aparecer en un papel de pequeña escala.[5] En el 2007 interpretó a Ben Donal en la serie de televisión Powers pero tuvo unos pequeños conflictos con Mike Vogel que también se encontraba en la serie y dejó el show terminando la primera temporada.[49] Además de dirigir el corto MANIAC, para la canción que grabaron Cage y Kid Cudi, también dirigió el vídeo musical para la canción "Marihuana" en la Cannabis Cup de 2010.Debido a que sufrió una lesión en su mano después de un accidente de tránsito, el director Michael Bay y el guionista Roberto Orci tuvieron que hacer modificaciones al guion para poder proteger su mano durante la filmación.No obstante, la filmación solo se retrasó un par de días luego del accidente.Shia compartió una nominación para la "Peor pareja en una película de 2009" con "Megan Fox o cualquier Transformer" en los Premios Razzie.La película está ambientada en la Segunda Guerra Mundial y el interpreta a un soldado que forma parte de la tripulación de un tanque que se enfrenta a la Alemania nazi.
