Esta formación le ayudaría más tarde en su misión pastoral.«Mis asesores espirituales no me dejaron partir al seminario inmediatamente, sino que me recomendaron concluir mi carrera.

De hecho, cuando me titulé, vine a recibir mi certificado con sotana».

Celebró el V Sínodo Diocesano de Ancud en 1968 y en esa diócesis, además del legado espiritual, dejó la Casa de Retiro “Estrella del mar” en Castro, donde se forman agentes pastorales.

Durante su pontificado ordenó 46 sacerdotes, erigió 200 capillas en diversas zonas urbanas y rurales de la diócesis, incluyendo el territorio indígena en disputa.

Su labor pastoral se centró en el apoyo moral y espiritual a las familias de los detenidos desaparecidos, así como el gran compromiso por los derechos humanos en colaboración con los laicos.

Entre las variadas tareas que desempeñó, fue presidente de Cáritas Chile entre 2003 y 2006.

Durante el funeral, Héctor Vargas Bastidas, obispo de Temuco, señaló:«Si bien Don Sergio se destacaba por ser un hombre intelectualmente brillante, lo que hacía conmover hasta sus más enconados adversarios era su auténtica humildad evangélica.

La Navidad y la Semana Santa la vivía silenciosamente en medio de las comunidades más pobres.