Juana, por otra parte, perdió el derecho al trono castellano y tuvo que permanecer en Portugal hasta su muerte.

Alfonso acepta, con lo cual la fuerza de los dos bandos queda más equilibrada y se perfila la guerra como único método para resolver el conflicto.

En junio de 1474, las tropas francesas invadieron el Rosellón y los aragoneses tuvieron que replegarse.

Fernando intercedió ante su padre, Juan II, para que no declarase la guerra a Francia, concentrando su atención en los asuntos castellanos.

Esto convertía a los borgoñones en aliados teóricos del bando isabelino, pero en la práctica siguieron haciendo la guerra por su cuenta, sin coordinar sus acciones con las castellano-aragonesas.

Portugal mantuvo su oposición a la autoridad castellana en las islas y por su parte fue avanzando en la exploración de Guinea, obteniendo grandes beneficios comerciales.

No arbitraron la cuestión de las Canarias, cuya conquista por otro lado había quedado relativamente estancada.

Inmediatamente los rebeldes se pusieron del lado de Isabel, iniciándose así las hostilidades.

Desde allí Alfonso esperaba poder enlazar con las tropas que enviase su aliado Luis XI de Francia.

También aceptaron al rey portugués Zamora y otras villas leonesas del bajo Duero.

La guarnición portuguesa mantuvo el control del castillo, pero la ciudad acogió a Fernando al día siguiente.

[37]​ En 1476, una flota portuguesa de 20 barcos comandada por Fernão Gomes partió hacia Guinea para recuperar su control.

Saquearon la isla y capturaron a Noli, que en aquel entonces prestaba vasallaje por su territorio al rey de Portugal.

De este modo, Castilla quedaba protegida militarmente frente a una posible penetración francesa en Navarra.

Tras este severo revés diplomático, Alfonso se quedó en Francia y pensó en abdicar.

Los nobles del bando juanista tuvieron que aceptar la situación e irse sometiendo a los Reyes.

Sin embargo, Juan recibió con alegría el retorno de su padre y le devolvió la Corona inmediatamente.

[47]​ Se sabe que en 1477 salió de Andalucía una flota para Guinea pero los datos sobre la misma son muy escasos.

Inmediatamente levaron anclas, dejando solo unos 300 soldados castellanos en tierra, los cuales a pesar de su reducido número lograron impedir el desembarco portugués.

[49]​ La otra flota castellana llegó a la Mina sin problemas y obtuvo grandes cantidades de oro.

Según del Pulgar, los ingresos así obtenidos por el rey Alfonso le permitieron relanzar la guerra por tierra contra Castilla.

[50]​ Las fuentes portuguesas afirman que tanto los prisioneros como gran parte del oro capturado fueron devueltos a Castilla tras la firma de la paz en 1479.

Los portugueses, reforzados por su gran victoria naval en Guinea, intervinieron nuevamente en Castilla para socorrer a sus aliados.

Según Palencia, el ejército portugués estaba compuesto por unos 1000 caballeros (entre los cuales se encontraban unos 250 leoneses y castellanos) más la infantería.

[55]​ Sin embargo, la victoria isabelina en Albuera fue solo parcial porque el grueso del ejército portugués pudo refugiarse en Mérida y de allí continuar su marcha hasta Medellín, que también ocuparon, con lo cual los lusos alcanzaron los dos principales objetivos de su ofensiva.

El nuncio apostólico Jacobo Rondón de Seseña llegó a Castilla con la noticia de que el papa Sixto IV rectificaba y anulaba la dispensa otorgada previamente a Alfonso V para casarse con su sobrina Juana.

Las negociaciones duraron 50 días y al final no se llegó a un acuerdo.

Mientras tanto, las guarniciones portuguesas de Extremadura resistían con éxito el duro asedio castellano.

Asimismo se firmaron dos acuerdos (habitualmente llamados «Tercerías de Moura») que resolvían la cuestión dinástica castellana.

Juana eligió el convento, aunque permaneció activa en la vida política hasta su muerte.