Esto dio origen a un conflicto bélico conocido como guerra de sucesión castellana.

[cita requerida] Una vez asegurada la sucesión de los reinos hispanos, los Reyes Católicos deciden concertar uniones matrimoniales para sus hijas.

Quería recompensar a Isabel pues, según testimonios coetáneos, la joven princesa nunca entendió por qué, siendo la primogénita y pudiendo reinar en Castilla una mujer, no siguió siendo heredera después del nacimiento del príncipe Juan.

Isabel se traslada a Portugal, con la incertidumbre sobre cómo sería su futuro en su nuevo país.

En el momento del enlace, Isabel contaba con veinte años recién cumplidos, mientras que el infante Alfonso tenía apenas 15.

Sin hijos y devastada por el dolor, Isabel se instala en Sevilla, desde donde ayudará a sus padres en asuntos del reino.

Isabel y Fernando deseaban casarla con el nuevo heredero al trono de Portugal, Manuel, que había conocido a la princesa Isabel en su breve estadía en Portugal y se sentía atraído por ella.

[cita requerida] Hubiera preferido dedicarse a la oración y tomar los hábitos, pero no pudo resistir la presión de sus padres.

En 1496, accede a casarse con Manuel I de Portugal, que ya era rey.

[4]​ Poco después, Isabel entra en Portugal como reina consorte junto a su nuevo marido.